HPVomics

Predicted highly potential siRNAs (HR-HPVs)

S.No.	HPV type	HPV target region	Start position	End position	Sense	Antisense	Inhibition (%)	Off-target (seed)
1	HPV16	E2	7	25	actctttgccaacgtttaa	ttaaacgttggcaaagagt	60.39	35
2	HPV16	E2	98	116	ggaaacacatgcgcctaga	tctaggcgcatgtgtttcc	56.27	17
3	HPV16	E2	848	866	gtaacactacacccatagt	actatgggtgtagtgttac	56.18	43
4	HPV16	E2	602	620	gcagcaacgaagtatcctc	gaggatacttcgttgctgc	55.77	50
5	HPV16	E2	74	92	acctacgtgaccatataga	tctatatggtcacgtaggt	54.9	48
6	HPV16	E2	4	22	gagactctttgccaacgtt	aacgttggcaaagagtctc	53.86	40
7	HPV16	E2	847	865	agtaacactacacccatag	ctatgggtgtagtgttact	53.73	45
8	HPV16	E2	844	862	aatagtaacactacaccca	tgggtgtagtgttactatt	53.41	35
9	HPV16	E2	1013	1031	atagtgaatggcaacgtga	tcacgttgccattcactat	53.03	25
10	HPV16	E2	480	498	tcatgaaggaatacgaaca	tgttcgtattccttcatga	52.88	17
11	HPV16	E2	593	611	ctgtgtttagcagcaacga	tcgttgctgctaaacacag	52.84	33
12	HPV16	E2	96	114	ttggaaacacatgcgccta	taggcgcatgtgtttccaa	52.81	33
13	HPV16	E2	699	717	aacacagacgactatccag	ctggatagtcgtctgtgtt	52.75	44
14	HPV16	E2	849	867	taacactacacccatagta	tactatgggtgtagtgtta	52.73	36
15	HPV16	E2	547	565	gtatgggaagttcatgcgg	ccgcatgaacttcccatac	52.23	17
16	HPV16	E2	595	613	gtgtttagcagcaacgaag	cttcgttgctgctaaacac	51.85	20
17	HPV16	E2	71	89	cagacctacgtgaccatat	atatggtcacgtaggtctg	51.83	45
18	HPV16	E2	3	21	ggagactctttgccaacgt	acgttggcaaagagtctcc	51.42	19
19	HPV16	E2	1012	1030	gatagtgaatggcaacgtg	cacgttgccattcactatc	51.36	25
20	HPV16	E2	65	83	atagtacagacctacgtga	tcacgtaggtctgtactat	51.14	27
21	HPV16	E2	95	113	attggaaacacatgcgcct	aggcgcatgtgtttccaat	51.14	17
22	HPV16	E2	698	716	aaacacagacgactatcca	tggatagtcgtctgtgttt	51.13	28
23	HPV16	E2	851	869	acactacacccatagtaca	tgtactatgggtgtagtgt	51.06	36
24	HPV16	E2	6	24	gactctttgccaacgttta	taaacgttggcaaagagtc	50.87	26
25	HPV16	E2	706	724	acgactatccagcgaccaa	ttggtcgctggatagtcgt	50.86	13
26	HPV16	E2	436	454	actgtggtagagggtcaag	cttgaccctctaccacagt	50.72	46
27	HPV16	E2	852	870	cactacacccatagtacat	atgtactatgggtgtagtg	50.7	34
28	HPV16	E2	63	81	tgatagtacagacctacgt	acgtaggtctgtactatca	50.6	15
29	HPV16	E2	93	111	ctattggaaacacatgcgc	gcgcatgtgtttccaatag	50.48	12
30	HPV16	E2	931	949	ttgtatactgcagtgtcgt	acgacactgcagtatacaa	50.41	8
31	HPV16	E2	549	567	atgggaagttcatgcgggt	acccgcatgaacttcccat	50.4	23
32	HPV16	E2	594	612	tgtgtttagcagcaacgaa	ttcgttgctgctaaacaca	50.34	7
33	HPV16	E2	477	495	tgttcatgaaggaatacga	tcgtattccttcatgaaca	50.3	15
34	HPV16	E2	64	82	gatagtacagacctacgtg	cacgtaggtctgtactatc	50.27	22
35	HPV16	E2	68	86	gtacagacctacgtgacca	tggtcacgtaggtctgtac	50.18	26
36	HPV31	E2	175	193	gtgccagcgttgtcagtat	atactgacaacgctggcac	55.95	46
37	HPV31	E2	860	878	tcagttgtcctgcaactac	gtagttgcaggacaactga	54.61	39
38	HPV31	E2	171	189	ggtggtgccagcgttgtca	tgacaacgctggcaccacc	52.79	11
39	HPV31	E2	593	611	ctgtatttagcagtgacga	tcgtcactgctaaatacag	52.55	19
40	HPV31	E2	1037	1055	gtacatcacaaagagacga	tcgtctctttgtgatgtac	52.14	47
41	HPV31	E2	549	567	atgggaagtgcatgcgggt	acccgcatgcacttcccat	51.78	23
42	HPV31	E2	627	645	gattgttacaaagctacca	tggtagctttgtaacaatc	50.89	47
43	HPV31	E2	852	870	aagggctgtcagttgtcct	aggacaactgacagccctt	50.75	39
44	HPV31	E2	652	670	aacaacaccaccacatcga	tcgatgtggtggtgttgtt	50.35	28
45	HPV31	E2	547	565	aaatgggaagtgcatgcgg	ccgcatgcacttcccattt	50.31	15
46	HPV31	E2	808	826	gtcaactgtggggttatca	tgataaccccacagttgac	50.31	47
47	HPV33	E2	753	771	caatagaacagcacgtact	agtacgtgctgttctattg	61.27	17
48	HPV33	E2	751	769	gacaatagaacagcacgta	tacgtgctgttctattgtc	56.23	24
49	HPV33	E2	175	193	gtgccttctttgttagcat	atgctaacaaagaaggcac	56.07	47
50	HPV33	E2	761	779	cagcacgtactgcaactaa	ttagttgcagtacgtgctg	55.34	39
51	HPV33	E2	750	768	ggacaatagaacagcacgt	acgtgctgttctattgtcc	54.55	44
52	HPV33	E2	752	770	acaatagaacagcacgtac	gtacgtgctgttctattgt	53.89	5
53	HPV33	E2	94	112	cattggaaactgatacgca	tgcgtatcagtttccaatg	53.47	12
54	HPV33	E2	812	830	ctaacgttgcacctatagt	actataggtgcaacgttag	53.34	46
55	HPV33	E2	755	773	atagaacagcacgtactgc	gcagtacgtgctgttctat	52.42	15
56	HPV33	E2	793	811	cagcggactgtgtgtagtt	aactacacacagtccgctg	51.77	46
57	HPV33	E2	785	803	caaacaagcagcggactgt	acagtccgctgcttgtttg	51.09	18
58	HPV33	E2	660	678	accacaagcagcggccaaa	tttggccgctgcttgtggt	50.79	26
59	HPV33	E2	804	822	gtgtagttctaacgttgca	tgcaacgttagaactacac	50.28	30
60	HPV33	E2	795	813	gcggactgtgtgtagttct	agaactacacacagtccgc	50.15	48
61	HPV39	E2	157	175	gaacgtggcatgcatacta	tagtatgcatgccacgttc	61.01	31
62	HPV39	E2	606	624	tgactctatgtgcagtacc	ggtactgcacatagagtca	59.12	42
63	HPV39	E2	838	856	aacacaagacggtacctca	tgaggtaccgtcttgtgtt	56.42	27
64	HPV39	E2	852	870	cctcagttgtggtaacact	agtgttaccacaactgagg	55.56	47
65	HPV39	E2	236	254	aactgcagatggcactaga	tctagtgccatctgcagtt	55.01	43
66	HPV39	E2	849	867	gtacctcagttgtggtaac	gttaccacaactgaggtac	54.62	43
67	HPV39	E2	1024	1042	tatgccacagagtcacaac	gttgtgactctgtggcata	54.32	50
68	HPV39	E2	311	329	atgaactgtggcatacaca	tgtgtatgccacagttcat	53.93	46
69	HPV39	E2	1028	1046	ccacagagtcacaacgcca	tggcgttgtgactctgtgg	53.92	26
70	HPV39	E2	1029	1047	cacagagtcacaacgccaa	ttggcgttgtgactctgtg	53.92	26
71	HPV39	E2	113	131	ggaaatgtgtgcgaatgga	tccattcgcacacatttcc	53.62	14
72	HPV39	E2	681	699	gacccattccaccgcaaca	tgttgcggtggaatgggtc	53.62	17
73	HPV39	E2	547	565	aggtatgggactagtggca	tgccactagtcccatacct	53.17	40
74	HPV39	E2	834	852	ccacaacacaagacggtac	gtaccgtcttgtgttgtgg	53.02	3
75	HPV39	E2	110	128	attggaaatgtgtgcgaat	attcgcacacatttccaat	52.95	17
76	HPV39	E2	833	851	gccacaacacaagacggta	taccgtcttgtgttgtggc	52.95	27
77	HPV39	E2	860	878	gtggtaacactacgcctat	ataggcgtagtgttaccac	52.48	19
78	HPV39	E2	836	854	acaacacaagacggtacct	aggtaccgtcttgtgttgt	52.21	23
79	HPV39	E2	664	682	ttatcaaacaccaccgcga	tcgcggtggtgtttgataa	52.03	20
80	HPV39	E2	156	174	agaacgtggcatgcatact	agtatgcatgccacgttct	52.01	38
81	HPV39	E2	109	127	tattggaaatgtgtgcgaa	ttcgcacacatttccaata	51.88	11
82	HPV39	E2	1030	1048	acagagtcacaacgccaaa	tttggcgttgtgactctgt	51.38	19
83	HPV39	E2	159	177	acgtggcatgcatactatt	aatagtatgcatgccacgt	51.09	49
84	HPV39	E2	682	700	acccattccaccgcaacaa	ttgttgcggtggaatgggt	50.81	11
85	HPV39	E2	544	562	gaaaggtatgggactagtg	cactagtcccatacctttc	50.63	29
86	HPV39	E2	861	879	tggtaacactacgcctata	tataggcgtagtgttacca	50.57	17
87	HPV39	E2	615	633	gtgcagtaccagtgacgga	tccgtcactggtactgcac	50.49	19
88	HPV39	E2	835	853	cacaacacaagacggtacc	ggtaccgtcttgtgttgtg	50.43	10
89	HPV39	E2	141	159	attttatgcagcacgagaa	ttctcgtgctgcataaaat	50.31	39
90	HPV39	E2	158	176	aacgtggcatgcatactat	atagtatgcatgccacgtt	50.13	35
91	HPV39	E2	679	697	gcgacccattccaccgcaa	ttgcggtggaatgggtcgc	50.13	42
92	HPV35	E2	479	497	atgtgcatcagggtgtaga	tctacaccctgatgcacat	65.6	43
93	HPV35	E2	605	623	gcagcacagaactatccac	gtggatagttctgtgctgc	57.94	44
94	HPV35	E2	835	853	gaccggtgtggtagttgta	tacaactaccacaccggtc	56.16	47
95	HPV35	E2	604	622	agcagcacagaactatcca	tggatagttctgtgctgct	55.03	28
96	HPV35	E2	854	872	gtacaactacacctatagt	actataggtgtagttgtac	54.75	46
97	HPV35	E2	649	667	gcctacaacaccaccgaga	tctcggtggtgttgtaggc	54.72	36
98	HPV35	E2	478	496	tatgtgcatcagggtgtag	ctacaccctgatgcacata	54.48	34
99	HPV35	E2	857	875	caactacacctatagtaca	tgtactataggtgtagttg	54.35	36
100	HPV35	E2	833	851	aagaccggtgtggtagttg	caactaccacaccggtctt	53.8	47
101	HPV35	E2	46	64	atactagaacattacgaga	tctcgtaatgttctagtat	53.35	10
102	HPV35	E2	840	858	gtgtggtagttgtagtaca	tgtactacaactaccacac	53.35	20
103	HPV35	E2	603	621	tagcagcacagaactatcc	ggatagttctgtgctgcta	53.14	37
104	HPV35	E2	647	665	acgcctacaacaccaccga	tcggtggtgttgtaggcgt	53.1	19
105	HPV35	E2	49	67	ctagaacattacgagactg	cagtctcgtaatgttctag	52.4	42
106	HPV35	E2	858	876	aactacacctatagtacat	atgtactataggtgtagtt	51.91	34
107	HPV35	E2	750	768	ctacaaccccaccaagcga	tcgcttggtggggttgtag	51.23	30
108	HPV35	E2	752	770	acaaccccaccaagcgagt	actcgcttggtggggttgt	51.11	24
109	HPV45	E2	609	627	tgactctatgtgcagtacc	ggtactgcacatagagtca	59.12	42
110	HPV45	E2	2	20	tgaagatgcagacaccgaa	ttcggtgtctgcatcttca	55.79	17
111	HPV45	E2	1	19	atgaagatgcagacaccga	tcggtgtctgcatcttcat	54.13	30
112	HPV45	E2	647	665	ctactcagattgttagaca	tgtctaacaatctgagtag	53.74	31
113	HPV45	E2	296	314	cactgcaagatacatgcga	tcgcatgtatcttgcagtg	53.72	12
114	HPV45	E2	319	337	ctatggaatacagaaccgt	acggttctgtattccatag	52.97	16
115	HPV45	E2	740	758	ctactaagcgacctagaca	tgtctaggtcgcttagtag	51.93	46
116	HPV45	E2	3	21	gaagatgcagacaccgaag	cttcggtgtctgcatcttc	51.76	21
117	HPV45	E2	6	24	gatgcagacaccgaaggaa	ttccttcggtgtctgcatc	50.51	19
118	HPV45	E2	659	677	ttagacagctacaacacgc	gcgtgttgtagctgtctaa	50.44	17
119	HPV45	E2	790	808	gtcaacacccacgtgcaca	tgtgcacgtgggtgttgac	50.19	25
120	HPV18	E2	603	621	tgactctatgtgcagtacc	ggtactgcacatagagtca	59.12	42
121	HPV18	E2	458	476	cggctacctgtgtaagtca	tgacttacacaggtagccg	55.21	42
122	HPV18	E2	184	202	gtggtgccagcctataaca	tgttataggctggcaccac	55.15	32
123	HPV18	E2	149	167	caagggaacatggcataca	tgtatgccatgttcccttg	54.95	36
124	HPV18	E2	641	659	ctactcagcttgttaaaca	tgtttaacaagctgagtag	53.48	46
125	HPV18	E2	797	815	ttctcggtgcagctacacc	ggtgtagctgcaccgagaa	52.92	36
126	HPV18	E2	255	273	ccttgcacaaagtgcatac	gtatgcactttgtgcaagg	52.84	48
127	HPV18	E2	848	866	gtggtaacactacgcctat	ataggcgtagtgttaccac	52.48	19
128	HPV18	E2	100	118	atacagtattggcaactaa	ttagttgccaatactgtat	52.13	39
129	HPV18	E2	1049	1067	ttgcaattccagatagtgt	acactatctggaattgcaa	52.08	50
130	HPV18	E2	999	1017	gactgtaacataccatagt	actatggtatgttacagtc	51.29	39
131	HPV18	E2	849	867	tggtaacactacgcctata	tataggcgtagtgttacca	50.57	17
132	HPV18	E2	847	865	agtggtaacactacgccta	taggcgtagtgttaccact	50.13	11
133	HPV18	E2	256	274	cttgcacaaagtgcataca	tgtatgcactttgtgcaag	50.01	38
134	HPV26	E2	7	25	aacctttgccagcgtttaa	ttaaacgctggcaaaggtt	54.35	19
135	HPV26	E2	6	24	gaacctttgccagcgttta	taaacgctggcaaaggttc	53.35	19
136	HPV26	E2	643	661	gagccagtatcaaacgcca	tggcgtttgatactggctc	53.09	29
137	HPV26	E2	8	26	acctttgccagcgtttaaa	tttaaacgctggcaaaggt	52.06	26
138	HPV26	E2	537	555	gacaggtgtgcaatgggct	agcccattgcacacctgtc	52.04	50
139	HPV26	E2	5	23	agaacctttgccagcgttt	aaacgctggcaaaggttct	51.41	39
140	HPV26	E2	267	285	agaagcttggacaatgcga	tcgcattgtccaagcttct	50.7	11
141	HPV26	E2	642	660	tgagccagtatcaaacgcc	ggcgtttgatactggctca	50.7	33
142	HPV26	E2	805	823	cagtcagtggactatacaa	ttgtatagtccactgactg	50.43	46