HPVomics

Predicted highly potential siRNAs (LR-HPVs)

S.No.	HPV type	HPV target region	Start position	End position	Sense	Antisense	Inhibition (%)	Off-target (seed)
1	HPV6	E1	949	967	gttgcagccctgtattggt	accaatacagggctgcaac	59.68	41
2	HPV6	E1	1888	1906	gaagatggaagcaatagcc	ggctattgcttccatcttc	59.42	38
3	HPV6	E1	1887	1905	ggaagatggaagcaatagc	gctattgcttccatcttcc	55.25	45
4	HPV6	E1	1159	1177	gattctaatgcacgagcat	atgctcgtgcattagaatc	55.19	22
5	HPV6	E1	218	236	acacccattatgcgactgt	acagtcgcataatgggtgt	55.07	23
6	HPV6	E1	878	896	gtacacttgcaacgctatt	aatagcgttgcaagtgtac	53.99	8
7	HPV6	E1	1678	1696	tgtccacctctgctagtaa	ttactagcagaggtggaca	53.24	37
8	HPV6	E1	216	234	ggacacccattatgcgact	agtcgcataatgggtgtcc	52.9	10
9	HPV6	E1	1080	1098	aatggtgcagtgggcgtat	atacgcccactgcaccatt	52.88	4
10	HPV6	E1	1082	1100	tggtgcagtgggcgtatga	tcatacgcccactgcacca	52.84	11
11	HPV6	E1	1083	1101	ggtgcagtgggcgtatgat	atcatacgcccactgcacc	52.62	16
12	HPV6	E1	322	340	ccacgattggacgccatta	taatggcgtccaatcgtgg	52.5	39
13	HPV6	E1	423	441	agtggaagctggaacggga	tcccgttccagcttccact	52.16	27
14	HPV6	E1	1895	1913	gaagcaatagccaagcgtt	aacgcttggctattgcttc	52.05	10
15	HPV6	E1	1679	1697	gtccacctctgctagtaac	gttactagcagaggtggac	52	47
16	HPV6	E1	1078	1096	gaaatggtgcagtgggcgt	acgcccactgcaccatttc	51.98	47
17	HPV6	E1	1012	1030	ccagaatggataacacgcc	ggcgtgttatccattctgg	51.87	19
18	HPV6	E1	1208	1226	tgaaagattgtgcaactat	atagttgcacaatctttca	51.78	39
19	HPV6	E1	219	237	cacccattatgcgactgtg	cacagtcgcataatgggtg	51.77	23
20	HPV6	E1	1008	1026	agcaccagaatggataaca	tgttatccattctggtgct	51.73	37
21	HPV6	E1	214	232	gcggacacccattatgcga	tcgcataatgggtgtccgc	51.57	4
22	HPV6	E1	74	92	aacacccaacaggtacaca	tgtgtacctgttgggtgtt	50.88	30
23	HPV6	E1	121	139	gaggacagtgggtatgaca	tgtcatacccactgtcctc	50.82	46
24	HPV6	E1	811	829	gcatggggaatggtattgt	acaataccattccccatgc	50.78	38
25	HPV6	E1	119	137	tggaggacagtgggtatga	tcatacccactgtcctcca	50.75	30
26	HPV6	E1	1013	1031	cagaatggataacacgcca	tggcgtgttatccattctg	50.74	42
27	HPV6	E1	1330	1348	gtacaattcctacgacatc	gatgtcgtaggaattgtac	50.55	11
28	HPV6	E1	876	894	acgtacacttgcaacgcta	tagcgttgcaagtgtacgt	50.52	12
29	HPV6	E1	1681	1699	ccacctctgctagtaacgt	acgttactagcagaggtgg	50.38	5
30	HPV6	E1	94	112	atatcagacgatgaggatg	catcctcatcgtctgatat	50.1	0
31	HPV6	E1	877	895	cgtacacttgcaacgctat	atagcgttgcaagtgtacg	50.07	16
32	HPV42	E1	531	549	ggttgtggaagacggcagt	actgccgtcttccacaacc	59.36	40
33	HPV42	E1	1144	1162	caaagagcagacgtggatg	catccacgtctgctctttg	59.11	43
34	HPV42	E1	545	563	gcagtcatgttatagacca	tggtctataacatgactgc	58.92	41
35	HPV42	E1	1627	1645	aacccaaccagcatagata	tatctatgctggttgggtt	58.11	50
36	HPV42	E1	1246	1264	gcagaaatgaggcgcatgt	acatgcgcctcatttctgc	57.69	35
37	HPV42	E1	1626	1644	taacccaaccagcatagat	atctatgctggttgggtta	57.14	39
38	HPV42	E1	572	590	cgcgcacacaactaataga	tctattagttgtgtgcgcg	56.21	39
39	HPV42	E1	1139	1157	atgcacaaagagcagacgt	acgtctgctctttgtgcat	55.93	21
40	HPV42	E1	1882	1900	gaggatggagaatctagcc	ggctagattctccatcctc	55.05	20
41	HPV42	E1	1243	1261	ttagcagaaatgaggcgca	tgcgcctcatttctgctaa	54.8	37
42	HPV42	E1	1386	1404	atggctacagggtatacct	aggtataccctgtagccat	54.79	33
43	HPV42	E1	532	550	gttgtggaagacggcagtc	gactgccgtcttccacaac	54.67	38
44	HPV42	E1	380	398	ggttgttccagcgtgtgga	tccacacgctggaacaacc	54.56	28
45	HPV42	E1	1310	1328	gcgactggaaacctatagt	actataggtttccagtcgc	54.28	46
46	HPV42	E1	529	547	gaggttgtggaagacggca	tgccgtcttccacaacctc	54.09	39
47	HPV42	E1	1881	1899	cgaggatggagaatctagc	gctagattctccatcctcg	54.09	50
48	HPV42	E1	1295	1313	agaagtgtgatgaaggcga	tcgccttcatcacacttct	53.95	42
49	HPV42	E1	916	934	atactggtacaaccgccta	taggcggttgtaccagtat	53.89	29
50	HPV42	E1	872	890	ttgttagacagctatccaa	ttggatagctgtctaacaa	53.84	44
51	HPV42	E1	87	105	ggatgctgtatcggaagat	atcttccgatacagcatcc	53.74	33
52	HPV42	E1	542	560	acggcagtcatgttataga	tctataacatgactgccgt	53.6	45
53	HPV42	E1	1629	1647	cccaaccagcatagataga	tctatctatgctggttggg	53.57	38
54	HPV42	E1	1009	1027	acaccggaatggatagcta	tagctatccattccggtgt	53.35	47
55	HPV42	E1	911	929	accagatactggtacaacc	ggttgtaccagtatctggt	53.27	31
56	HPV42	E1	1142	1160	cacaaagagcagacgtgga	tccacgtctgctctttgtg	53.23	47
57	HPV42	E1	1561	1579	ctagatgatgttacagcgg	ccgctgtaacatcatctag	52.84	24
58	HPV42	E1	292	310	atacaatactcagaaccgt	acggttctgagtattgtat	52.82	16
59	HPV42	E1	546	564	cagtcatgttatagaccac	gtggtctataacatgactg	52.73	47
60	HPV42	E1	273	291	tagcccatatgtaagtcct	aggacttacatatgggcta	52.4	45
61	HPV42	E1	703	721	accgattgggtgtatgctg	cagcatacacccaatcggt	52.15	50
62	HPV42	E1	1777	1795	ccatttgacagcaacggca	tgccgttgctgtcaaatgg	52.13	23
63	HPV42	E1	1297	1315	aagtgtgatgaaggcgact	agtcgccttcatcacactt	51.89	9
64	HPV42	E1	556	574	atagaccactgtagtccgc	gcggactacagtggtctat	51.61	5
65	HPV42	E1	1296	1314	gaagtgtgatgaaggcgac	gtcgccttcatcacacttc	51.61	40
66	HPV42	E1	1337	1355	tacgctatcaacatataga	tctatatgttgatagcgta	51.51	48
67	HPV42	E1	659	677	ttggagacctggtaagaca	tgtcttaccaggtctccaa	51.43	37
68	HPV42	E1	1140	1158	tgcacaaagagcagacgtg	cacgtctgctctttgtgca	51.34	36
69	HPV42	E1	85	103	ggggatgctgtatcggaag	cttccgatacagcatcccc	51.32	10
70	HPV42	E1	117	135	ggacatagaggatagtgga	tccactatcctctatgtcc	51.25	48
71	HPV42	E1	528	546	agaggttgtggaagacggc	gccgtcttccacaacctct	51.15	40
72	HPV42	E1	261	279	acgaaagtacattagccca	tgggctaatgtactttcgt	51.07	46
73	HPV42	E1	1541	1559	cagatgcaaaggtagctat	atagctacctttgcatctg	50.67	42
74	HPV42	E1	1245	1263	agcagaaatgaggcgcatg	catgcgcctcatttctgct	50.64	14
75	HPV42	E1	699	717	gtgtaccgattgggtgtat	atacacccaatcggtacac	50.61	34
76	HPV42	E1	1300	1318	tgtgatgaaggcgactgga	tccagtcgccttcatcaca	50.61	31
77	HPV42	E1	178	196	gaacatgtagaactaagta	tacttagttctacatgttc	50.53	47
78	HPV42	E1	791	809	atacccaatggacgtcatg	catgacgtccattgggtat	50.51	24
79	HPV42	E1	86	104	gggatgctgtatcggaaga	tcttccgatacagcatccc	50.46	20
80	HPV42	E1	714	732	gtatgctgtgttcggggtt	aaccccgaacacagcatac	50.44	30
81	HPV42	E1	915	933	gatactggtacaaccgcct	aggcggttgtaccagtatc	50.39	13
82	HPV42	E1	1564	1582	gatgatgttacagcggcat	atgccgctgtaacatcatc	50.34	41
83	HPV42	E1	240	258	tgctgacctgtgcgagtta	taactcgcacaggtcagca	50.28	14
84	HPV42	E1	914	932	agatactggtacaaccgcc	ggcggttgtaccagtatct	50.28	13
85	HPV42	E1	1244	1262	tagcagaaatgaggcgcat	atgcgcctcatttctgcta	50.27	31
86	HPV42	E1	968	986	ctagcattgtaaccggaga	tctccggttacaatgctag	59.24	19
87	HPV42	E1	300	318	cagcatagacaacgaacta	tagttcgttgtctatgctg	58.4	11
88	HPV42	E1	94	112	tcagatgacgaggacgaaa	tttcgtcctcgtcatctga	57.87	23
89	HPV42	E1	297	315	gcacagcatagacaacgaa	ttcgttgtctatgctgtgc	56.17	12
90	HPV42	E1	112	130	aatgtagacgatagtgggt	acccactatcgtctacatt	56.02	44
91	HPV42	E1	299	317	acagcatagacaacgaact	agttcgttgtctatgctgt	55.06	11
92	HPV42	E1	965	983	atgctagcattgtaaccgg	ccggttacaatgctagcat	54.44	6
93	HPV42	E1	966	984	tgctagcattgtaaccgga	tccggttacaatgctagca	53.8	4
94	HPV42	E1	296	314	agcacagcatagacaacga	tcgttgtctatgctgtgct	53.76	13
95	HPV42	E1	298	316	cacagcatagacaacgaac	gttcgttgtctatgctgtg	53.61	20
96	HPV42	E1	921	939	aagtgtggctgccgccata	tatggcggcagccacactt	52.8	45
97	HPV42	E1	221	239	cagatcaggaggcagtaca	tgtactgcctcctgatctg	52.77	42
98	HPV42	E1	111	129	aaatgtagacgatagtggg	cccactatcgtctacattt	52.67	48
99	HPV42	E1	301	319	agcatagacaacgaactaa	ttagttcgttgtctatgct	52.52	17
100	HPV42	E1	627	645	tggagtgtcatttggcgat	atcgccaaatgacactcca	52.38	12
101	HPV42	E1	900	918	aatagagccacctcggtta	taaccgaggtggctctatt	51.6	23
102	HPV42	E1	592	610	catgcaacattgttaggta	tacctaacaatgttgcatg	51.53	33
103	HPV42	E1	55	73	gtagaagctatagtagaca	tgtctactatagcttctac	50.9	40
104	HPV42	E1	1056	1074	agaaatggtgcaatgggca	tgcccattgcaccatttct	50.89	50
105	HPV42	E1	967	985	gctagcattgtaaccggag	ctccggttacaatgctagc	50.85	14
106	HPV42	E1	628	646	ggagtgtcatttggcgatt	aatcgccaaatgacactcc	50.81	16
107	HPV42	E1	899	917	taatagagccacctcggtt	aaccgaggtggctctatta	50.7	31
108	HPV42	E1	898	916	ttaatagagccacctcggt	accgaggtggctctattaa	50.64	29
109	HPV42	E1	698	716	cagcatttggggttaatca	tgattaaccccaaatgctg	50.32	46
110	HPV42	E1	626	644	ttggagtgtcatttggcga	tcgccaaatgacactccaa	50.19	13
111	HPV11	E1	857	875	agagcagatgtaccgtggc	gccacggtacatctgctct	59.9	24
112	HPV11	E1	1888	1906	gaagatggaagcaatagcc	ggctattgcttccatcttc	59.42	38
113	HPV11	E1	858	876	gagcagatgtaccgtggca	tgccacggtacatctgctc	59.07	44
114	HPV11	E1	949	967	gtacgagccctgtattggt	accaatacagggctcgtac	56.22	41
115	HPV11	E1	1135	1153	gaatatgcacagcgtggag	ctccacgctgtgcatattc	55.5	23
116	HPV11	E1	1887	1905	ggaagatggaagcaatagc	gctattgcttccatcttcc	55.25	45
117	HPV11	E1	856	874	aagagcagatgtaccgtgg	ccacggtacatctgctctt	54.85	12
118	HPV11	E1	1533	1551	acagccactaacggatgca	tgcatccgttagtggctgt	54.43	46
119	HPV11	E1	1632	1650	tcctatgagcatagataga	tctatctatgctcatagga	54.06	38
120	HPV11	E1	855	873	taagagcagatgtaccgtg	cacggtacatctgctctta	54.01	7
121	HPV11	E1	689	707	atagaaccacatgtgccga	tcggcacatgtggttctat	53.89	17
122	HPV11	E1	1530	1548	gctacagccactaacggat	atccgttagtggctgtagc	53.51	13
123	HPV11	E1	1313	1331	gtaactggaagccaattgt	acaattggcttccagttac	52.82	40
124	HPV11	E1	854	872	ataagagcagatgtaccgt	acggtacatctgctcttat	52.74	18
125	HPV11	E1	1300	1318	gttgacagtgtaggtaact	agttacctacactgtcaac	52.43	44
126	HPV11	E1	1531	1549	ctacagccactaacggatg	catccgttagtggctgtag	52.25	15
127	HPV11	E1	1895	1913	gaagcaatagccaagcgtt	aacgcttggctattgcttc	52.05	10
128	HPV11	E1	285	303	aagcaatgtagctaatgca	tgcattagctacattgctt	51.74	47
129	HPV11	E1	1418	1436	gtatagccattgtagggcc	ggccctacaatggctatac	51.69	37
130	HPV11	E1	862	880	agatgtaccgtggcacgta	tacgtgccacggtacatct	51.62	34
131	HPV11	E1	1136	1154	aatatgcacagcgtggaga	tctccacgctgtgcatatt	51.61	44
132	HPV11	E1	216	234	ggatgctcattatgcgact	agtcgcataatgagcatcc	51.53	10
133	HPV11	E1	422	440	aagtggaagctgcaacgca	tgcgttgcagcttccactt	51.41	15
134	HPV11	E1	1134	1152	tgaatatgcacagcgtgga	tccacgctgtgcatattca	51.28	35
135	HPV11	E1	53	71	ttatggtagaagccatagt	actatggcttctaccataa	51.18	25
136	HPV11	E1	957	975	cctgtattggtttaggaca	tgtcctaaaccaatacagg	51.13	37
137	HPV11	E1	214	232	gcggatgctcattatgcga	tcgcataatgagcatccgc	51.1	4
138	HPV11	E1	811	829	gcatggggaatggtactat	atagtaccattccccatgc	51.05	36
139	HPV11	E1	1015	1033	gaatggataacgcgccaga	tctggcgcgttatccattc	51.04	38
140	HPV11	E1	535	553	gcggaagcagtagacgaca	tgtcgtctactgcttccgc	50.99	10
141	HPV11	E1	121	139	gaggacagtgggtatgaca	tgtcatacccactgtcctc	50.82	46
142	HPV11	E1	119	137	tggaggacagtgggtatga	tcatacccactgtcctcca	50.75	30
143	HPV11	E1	190	208	caggcattgtttaataggc	gcctattaaacaatgcctg	50.62	50
144	HPV11	E1	533	551	aggcggaagcagtagacga	tcgtctactgcttccgcct	50.62	9
145	HPV11	E1	691	709	agaaccacatgtgccgatt	aatcggcacatgtggttct	50.35	28
146	HPV11	E1	1113	1131	tgaagaaagtgagatagca	tgctatctcactttcttca	50.1	49
147	HPV11	E1	1629	1647	taatcctatgagcatagat	atctatgctcataggatta	50.04	39