HPVomics

A therapeutic and epitome resource for Human Papillomaviruses

Efficient putative sgRNAs (CRISPR/Cas9 targets)

---

S.No.	HPV type	Target region	sgRNA seuences	PAM	Strand(F/R)	Start	End	GC (%)	Predicted effeciency (%)
1	HPV16	E2	GGCTTTGGTATGGGTCGCGG	CGG	R	421	440	65	54.64
2	HPV16	E2	GCATTTAACAGCTCACACAA	AGG	F	808	827	40	48.36
3	HPV16	E2	TAAACATATTAACCACCAGG	TGG	F	153	172	35	47.58
4	HPV16	E2	GTATGGGAAGTTCATGCGGG	TGG	F	547	566	55	43.55
5	HPV16	E2	ATTTAAACATATTAACCACC	AGG	F	150	169	25	41.15
6	HPV18	E2	ACAAAGTGCATACAAAACCG	AGG	F	261	280	40	68.19
7	HPV18	E2	GCTACCTGTGTAAGTCACAG	GGG	F	460	479	50	63.19
8	HPV18	E2	ATAGAGATATATCATCCACC	TGG	F	938	957	35	62.68
9	HPV18	E2	ACGCACTTAAACGTTCCGAA	AGG	R	1056	1075	45	59.92
10	HPV18	E2	GGTGCTGGAATACGGTGAGG	GGG	R	406	425	60	59.3
11	HPV18	E2	ACAGACATTAAACCACCAGG	TGG	F	165	184	45	49.02
12	HPV18	E2	GACACTGCAAGACACATGCG	AGG	F	288	307	55	47.84
13	HPV18	E2	TGCACCTGTCCAATGCCAGG	TGG	R	124	143	60	47.59
14	HPV18	E2	GGTACGTGGGAAGTACATTT	TGG	F	559	578	45	45.3
15	HPV18	E2	GATAGTGTACAAATATTGGT	GGG	F	1060	1079	30	45.03
16	HPV18	E2	ATATGACTGATGCAGGAACA	TGG	F	428	447	40	44.73
17	HPV18	E2	GGTGTAGCTGCACCGAGAAG	TGG	R	284	303	60	44.63
18	HPV18	E2	GGATTGTATTATGTAAAGGA	AGG	F	481	500	30	43.61
19	HPV18	E2	GTATTCCAGCACCGTGTCCG	TGG	F	681	700	60	43.47
20	HPV18	E2	TATAGGCTGGCACCACCTGG	TGG	R	900	919	60	42.17
21	HPV18	E2	CTACAGGCAACAACAAAAGA	CGG	F	815	834	40	41.86
22	HPV18	E2	AATATGGGAACACAGGTACG	TGG	F	545	564	45	41.07
23	HPV18	E2	ACTCACTGCTTTAAAAAAGG	TGG	F	331	350	35	40.76
24	HPV26	E2	GGTGTACTATAAACACAGTT	TGG	R	225	244	35	60.11
25	HPV26	E2	GCAATGTATAAACCACCAGG	TGG	F	153	172	45	56.59
26	HPV26	E2	CGTGGGCACCAAGGAAACCG	AGG	F	690	709	65	55.03
27	HPV26	E2	GGAAAGCGACGACGACTCAG	TGG	F	724	743	60	52.81
28	HPV26	E2	GTAGGCTTCGGTGGTCTGGG	TGG	R	445	464	65	49.29
29	HPV26	E2	CTACGTGCCCGTGGGCACCA	AGG	F	681	700	70	47.35
30	HPV26	E2	GGCATATAAGCAGTATTACG	TGG	F	486	505	40	47.16
31	HPV26	E2	GGCTTCGGTGGTCTGGGTGG	TGG	R	448	467	70	45.99
32	HPV26	E2	TTACGTGGACTTTAAACAAG	AGG	F	501	520	35	45.63
33	HPV26	E2	AGGGATATATTATACACAAG	GGG	F	465	484	30	43.31
34	HPV26	E2	CATGCAATGTATAAACCACC	AGG	F	150	169	40	42.48
35	HPV31	E2	ACACAGTATTAACCACCAGG	TGG	F	153	172	45	58.87
36	HPV31	E2	GTTGTTGCGAGGCGACTCCG	TGG	F	780	799	65	54.6
37	HPV31	E2	GGTTTTGGAATTCGATGTGG	TGG	R	439	458	45	50.99
38	HPV31	E2	GCACCAGTGAAGGTGTGCGG	CGG	F	692	711	65	49.94
39	HPV31	E2	GGAAGGGCAAGTTAATTGTA	AGG	F	444	463	40	49.27
40	HPV31	E2	GCCCTTCCACAACAGTACAT	TGG	R	669	688	50	41.24
41	HPV31	E2	ACAACGCTGGCACCACCTGG	TGG	R	933	952	65	40.99
42	HPV33	E2	ATAGTTCTATGTCATCCACC	TGG	F	899	918	40	60.92
43	HPV33	E2	GGGTGAAATATATATTATAG	AGG	F	402	421	25	57.6
44	HPV33	E2	GTCACTGGTCCAATGCCAGG	TGG	R	127	146	60	56.11
45	HPV33	E2	CTAACTGCACAAACAAGCAG	CGG	F	776	795	45	53.82
46	HPV33	E2	TGGTTGCTAGATATAGACGT	AGG	R	455	474	40	52.83
47	HPV33	E2	CTAACAAAGAAGGCACCACC	TGG	R	873	892	50	40.01
48	HPV35	E2	TTATATACAACAGTTCCACA	AGG	F	304	323	30	68.75
49	HPV35	E2	GCGAGTGCGACTCAGTGCCG	TGG	F	765	784	70	59.24
50	HPV35	E2	CCATACCAAAGCCTGCTCCG	TGG	F	669	688	60	51.51
51	HPV35	E2	GGCTTTGGTATGGGTCTCGG	TGG	R	424	443	60	50.19
52	HPV35	E2	TAAAACTCTTAACCACCAAG	TGG	F	156	175	35	49.41
53	HPV35	E2	TTACACAACAGAATATCAAA	GGG	F	1014	1033	25	47.33
54	HPV35	E2	TGTTTTTTAAAACATCCTTG	TGG	R	764	783	25	42.32
55	HPV35	E2	CCTGCGTTGGAACCACTTGG	TGG	R	915	934	60	41.6
56	HPV39	E2	GCATACTATTGACCACCAGG	TGG	F	168	187	50	64.11
57	HPV39	E2	ACAAACTGAATACAATACAG	AGG	F	264	283	30	57.67
58	HPV39	E2	GGACACTCCGTCGGGCTCAG	TGG	R	322	341	70	51.73
59	HPV39	E2	TTATGGTTGGCACCACCTGG	TGG	R	912	931	55	49.24
60	HPV39	E2	GGTAAGGGAACCAAAAACGC	TGG	F	985	1004	50	49.01
61	HPV39	E2	GTACAGGCCACAACACAAGA	CGG	F	827	846	50	47.44
62	HPV39	E2	AAGACACTAGTAATGAACTG	TGG	F	299	318	35	46.95
63	HPV39	E2	ACATATGGTGTAAAACAGAA	GGG	F	446	465	30	45.26
64	HPV39	E2	GGTATGGGACTAGTGGCAAA	TGG	F	548	567	50	44.65
65	HPV39	E2	ACAGAGCCCACTGAGCCCGA	CGG	F	763	782	65	44.6
66	HPV39	E2	GGATTGTTTTTTGGGTGCAT	GGG	R	390	409	40	42.89
67	HPV39	E2	GGTGCATGGGGTTGTTGCGG	TGG	R	403	422	65	41.48
68	HPV39	E2	TTTTATGCAGCACGAGAACG	TGG	F	142	161	45	40.09
69	HPV45	E2	GGACTCACAGAGCAGCACCA	CGG	F	763	782	60	78.02
70	HPV45	E2	ACAACCTGTCCAATGCCAGG	TGG	F	121	140	55	61.82
71	HPV45	E2	ACGCACTTAAACGTTCCGAA	AGG	R	1059	1078	45	59.92
72	HPV45	E2	GCAAGTATAACAATGAGGAA	TGG	F	272	291	35	55.27
73	HPV45	E2	GTACAAGTAACAACAAAAGA	AGG	F	827	846	30	52.34
74	HPV45	E2	GACACTGCAAGATACATGCG	AGG	F	294	313	50	50.9
75	HPV45	E2	AATATGGAAATAGTAATACG	TGG	F	551	570	25	49.05
76	HPV45	E2	TACCAAACTAAACCACCAGG	TGG	F	171	190	45	48.81
77	HPV45	E2	CGTGGGTGTTGACACGTCCG	TGG	R	306	325	65	47.3
78	HPV45	E2	ATATGGAAATAGTAATACGT	GGG	F	552	571	25	45.25
79	HPV45	E2	TATATTATATAACTGAGACA	GGG	F	428	447	20	44.24
80	HPV45	E2	GGTGTATATTATATAAAAGA	TGG	F	487	506	20	43.46
81	HPV45	E2	TGTTACTTGTACTTGAACAC	AGG	R	270	289	35	42.16
82	HPV51	E2	GGAAGTGGAAGCACTAACAC	TGG	F	796	815	50	58.58
83	HPV51	E2	ATGTGCACTGTCAAACACAA	TGG	R	76	95	40	52.96
84	HPV51	E2	GGGAGACATGTTATGAACTA	TGG	F	284	303	40	51.22
85	HPV51	E2	ATATGGGGCACAACAGTGGG	AGG	F	531	550	55	46.63
86	HPV51	E2	GGACAGTGGGGAGATTGTGG	AGG	R	313	332	60	45.6
87	HPV51	E2	ATATATATGATAATGATAAG	TGG	F	413	432	15	45.38
88	HPV51	E2	ACAAACAACCAAATACACTG	TGG	F	775	794	35	44.58
89	HPV51	E2	CCTGGCACACATTTAAACGG	TGG	R	1041	1060	50	43.02
90	HPV51	E2	CACAATCTCCCCACTGTCCG	TGG	F	747	766	60	41.12
91	HPV51	E2	TTTGTATTGTCCACGGACAG	TGG	R	299	318	45	40.48
92	HPV52	E2	GGAGTATGGGAAGTACATGT	GGG	F	544	563	45	53.27
93	HPV52	E2	GGACACTGCGGAGGTCTTGG	AGG	R	436	455	65	50.83
94	HPV52	E2	TATGGATTATACAAACTGGA	AGG	F	384	403	30	48.02
95	HPV52	E2	GGCACCCACGGACACTGCGG	AGG	R	427	446	75	46.81
96	HPV52	E2	TTTGCGGGGACAACAATCCG	TGG	F	765	784	55	46.54
97	HPV52	E2	GGTCGTCGTCGTTTCTGTGG	TGG	R	386	405	60	44.22
98	HPV52	E2	AACTCATATAGGCCACCAGG	TGG	F	153	172	50	43.34
99	HPV52	E2	GTATGGGAAGTACATGTGGG	TGG	F	547	566	50	41.89
100	HPV53	E2	GGACTCTCTGGCTGTGGTAG	TGG	R	364	383	60	60.09
101	HPV53	E2	GGGACGTTTTCCCGGCCGCA	GGG	R	427	446	70	58.07
102	HPV53	E2	TTATACAAACTTTAAAGACG	AGG	F	501	520	25	55.22
103	HPV53	E2	GGAGGTGGTGGGGGTCTTAT	GGG	R	481	500	60	54.72
104	HPV53	E2	GGGATGTATGTGAAAGTATG	TGG	F	284	303	40	52.95
105	HPV53	E2	GGCTGTGGTAGTGGACTGTG	TGG	R	373	392	60	52.52
106	HPV53	E2	ATATGGGTGTAAAGGCACAT	GGG	F	531	550	40	51.8
107	HPV53	E2	GACTAAACTAGGCCACCAGG	TGG	F	153	172	55	51.65
108	HPV53	E2	AACAACACCGAAATCGACAG	TGG	F	871	890	45	48.73
109	HPV53	E2	GCACCTGTAGTACATATAAA	AGG	F	904	923	35	47.27
110	HPV53	E2	GGCACATGGGAAGTGCATAT	GGG	F	544	563	50	45.69
111	HPV53	E2	GGTGCCCACGGGCGTGGAGG	TGG	R	466	485	80	44.75
112	HPV53	E2	TGTGGTAGTGGACTGTGTGG	TGG	R	376	395	55	43.15
113	HPV53	E2	GTAGGTGCCCACGGGCGTGG	AGG	R	463	482	75	41.17
114	HPV53	E2	TTTACAAGTGTGTAAAGCAA	AGG	F	183	202	30	40.09
115	HPV56	E2	GGACGTGGAGGTGGTGGTGG	TGG	R	433	452	70	56.67
116	HPV56	E2	TACTGTACTAAACCACCAGA	TGG	F	153	172	40	45.22
117	HPV56	E2	ATTTGGGTGTAAAAACATAT	GGG	F	531	550	25	43.49
118	HPV56	E2	GGTATATATTATGTACATGA	TGG	F	466	485	25	43.32
119	HPV56	E2	GGTGGTGGTGGTGGTCTTGT	GGG	R	442	461	60	42.36
120	HPV56	E2	CAATATATAACAATGAAGAG	TGG	F	254	273	25	41.17
121	HPV58	E2	ACTGTAATATGTCATCCACA	TGG	F	914	933	35	63.81
122	HPV58	E2	CCAACAACGAAAGTACACAG	GGG	F	653	672	45	59.61
123	HPV58	E2	GCCGTGGACAGTAGACCACG	AGG	F	748	767	65	51.17
124	HPV58	E2	TGCTGACCCAAAGACCACCG	AGG	F	627	646	60	50
125	HPV58	E2	AAAGTATACAGACTGCGCCG	TGG	F	732	751	50	47.37
126	HPV58	E2	TGTTACTGTAACATACACAA	CGG	F	975	994	30	44.84
127	HPV58	E2	CTACCAATGACGGCACCACC	TGG	R	888	907	60	44.55
128	HPV58	E2	GGAGGTACATGTGGGTAGTC	GGG	F	552	571	55	43.89
129	HPV58	E2	CTAACTGTACATACAAAGGG	CGG	F	791	810	40	42.73
130	HPV58	E2	ATCACTGGTCCAATGCCATG	TGG	R	127	146	50	40.54
131	HPV59	E2	GGAAGTGCATTATAATGGCA	AGG	F	567	586	40	57.76
132	HPV59	E2	ACATACATTAAACCACCAGG	TGG	F	165	184	40	51.13
133	HPV59	E2	CTGAGTTTAAAAATGAGCAA	TGG	F	266	285	30	50.54
134	HPV59	E2	GGAAAGCGACCAAGACAGTG	TGG	F	736	755	55	50.37
135	HPV59	E2	ATAGGCGTAGTGTTACTGCA	AGG	R	236	255	45	47.03
136	HPV59	E2	TTGCTCAGAAGATCCAGCAG	TGG	R	454	473	50	43.68
137	HPV59	E2	ATATTTCCTCTACCTGGCAT	TGG	F	956	975	40	42.81
138	HPV59	E2	AATAGTGTACAAATACATGT	TGG	F	1075	1094	25	42.15
139	HPV59	E2	AATATGGGACTACAGACAAG	TGG	F	545	564	40	40.6
140	HPV66	E2	TGTGGGCGCCCAAGACGCCG	CGG	F	684	703	75	51.41
141	HPV66	E2	TATATAAAGATGAAACACAA	CGG	F	1016	1035	20	50.22
142	HPV66	E2	TCCTGGTCTGTGGGATACCG	CGG	R	388	407	60	47.42
143	HPV66	E2	TAATGTACTAAACCACCAGA	TGG	F	153	172	35	47.3
144	HPV66	E2	ATATGGGTGTACAAACATAT	GGG	F	531	550	30	46.36
145	HPV66	E2	TTACACAGACTTTGAACAGG	AGG	F	501	520	40	42.52
146	HPV66	E2	GGGTGGTGTAAAGTGTCATC	AGG	F	430	449	50	42.44
147	HPV66	E2	GGCGTCTTGGGCGCCCACAA	AGG	R	409	428	70	41.85
148	HPV66	E2	CAATATATAAAAATGAAGAG	TGG	F	254	273	20	41.46
149	HPV66	E2	TGGCTTTGTGTGTTGATACG	TGG	R	260	279	45	41.14
150	HPV68	E2	GCATAATATTGACCACCAGG	TGG	F	168	187	45	61.99
151	HPV68	E2	ACACATGGTGTAAAACCCAA	GGG	F	446	465	40	55.95
152	HPV68	E2	GGACACGTTGTCGGGCTCAG	AGG	R	322	341	65	49.42
153	HPV68	E2	GGGACACAAGTAATGAACTA	TGG	F	299	318	40	49.36
154	HPV68	E2	GGTGCATGGGGCACCTGCGG	TGG	R	403	422	75	47.65
155	HPV68	E2	TTAAAAACAGTACAGACACA	TGG	F	431	450	30	45.81
156	HPV68	E2	TGAGCCCGACAACGTGTCCG	TGG	F	774	793	65	42.42
157	HPV68	E2	CTGCATATAGTGCAGAGGAG	TGG	F	269	288	50	41.95
158	HPV68	E2	TGGGAGGTCGACACCGTCCA	CGG	R	301	320	65	41.86
159	HPV68	E2	TATTATGCAGCACGAGAACG	TGG	F	142	161	45	41.1
160	HPV68	E2	GCACAACTATATGGGACTAG	TGG	F	541	560	45	40.06
161	HPV73	E2	GCAAACTGTTAACAATCAAG	CGG	F	156	175	35	58
162	HPV73	E2	TTAAAAATGTAACAACAACA	TGG	F	893	912	20	54.99
163	HPV73	E2	GGTGTCAACGTTGGTGCAGG	TGG	R	361	380	60	53.45
164	HPV73	E2	TGAATCTTTGTATAACACAG	AGG	F	252	271	30	51.9
165	HPV73	E2	GGTGGTGGTGTTGGTGGTTG	TGG	R	382	401	60	50.36
166	HPV73	E2	GGCATATGGGAAGTACATAT	GGG	F	550	569	40	50.35
167	HPV73	E2	GATTTGATACAGATGCAAAA	CGG	F	515	534	30	48.11
168	HPV73	E2	CTTTGGATCGTGATACTGCA	AGG	R	846	865	45	47.32
169	HPV73	E2	ATATGGGAAGTACATATGGG	TGG	F	553	572	40	46.45
170	HPV73	E2	GGTTAGATATGACTGTGAAA	AGG	F	357	376	35	45.32
171	HPV73	E2	ATATATTGTTGGTATGAAGG	GGG	F	412	431	30	44.79
172	HPV73	E2	GGTAGCAAAATAGATTATAA	TGG	F	448	467	25	43.3
173	HPV73	E2	GGACATTGCAACATACAAGT	TGG	F	278	297	40	43.26
174	HPV73	E2	GGTGCAGGTGGTGGTGGTGT	TGG	R	373	392	65	42.12
175	HPV73	E2	AGGTTATGCAAACAATCCAG	GGG	R	290	309	40	41.34
176	HPV82	E2	GCAGGTGTCCACGGACAGCG	GGG	R	301	320	70	66.8
177	HPV82	E2	GGAATAGGTATTGGTCGTGG	GGG	R	406	425	50	57.11
178	HPV82	E2	ATATGTGTATATATATAAAG	AGG	F	405	424	15	56.56
179	HPV82	E2	GGTAAAAACACAGGGAAACG	TGG	F	435	454	45	51.18
180	HPV82	E2	ATATGGGGCACAACAATGGG	AGG	F	531	550	50	48.22
181	HPV82	E2	GGATAGATGGGTAAAAACAC	AGG	F	426	445	40	47.86
182	HPV82	E2	CTGCAGGCCCAAACACCGGA	GGG	F	803	822	65	46.18
183	HPV82	E2	GGACAGCGGGGTGACTGTGG	AGG	R	313	332	70	46.14
184	HPV82	E2	GGGGTGACTGTGGAGGAGTC	GGG	R	320	339	65	44.55
185	HPV82	E2	GGCGGAATAGGTATTGGTCG	TGG	R	403	422	55	44.05
186	HPV82	E2	GGCTTCTGTGGTGCCCGCGG	AGG	R	382	401	75	43.72
187	HPV82	E2	GGGACACATGCTATGAACTA	TGG	F	284	303	45	42.7
188	HPV82	E2	ACACATTTAAACGATGACAT	AGG	R	1050	1069	30	41.88
189	HPV82	E2	GGAACTGCAGGCCCAAACAC	CGG	F	799	818	60	41.43
190	HPV82	E2	ATATATATAAAGAGGATAGA	TGG	F	413	432	20	41.23
191	HPV82	E2	GGACACATGCTATGAACTAT	GGG	F	285	304	40	40.44