HPVomics

A therapeutic and epitome resource for Human Papillomaviruses

Efficient putative sgRNAs (CRISPR/Cas9 targets)

---

S.No.	HPV type	Target region	sgRNA seuences	PAM	Strand(F/R)	Start	End	GC (%)	Predicted effeciency (%)
1	HPV16	E1	GGCTCTATCATCATACACAT	TGG	R	1025	1044	40	60.42
2	HPV16	E1	TGTAGTGGAAAAAAAAACAG	GGG	F	69	88	30	55.47
3	HPV16	E1	TTATCATTAAGCTCATACAC	TGG	R	131	150	30	54.23
4	HPV16	E1	GGGTAGATGATGGAGGTGAT	TGG	F	1295	1314	50	52.21
5	HPV16	E1	GGTTGCAGTCAGTACAGTAG	TGG	F	499	518	50	50.49
6	HPV16	E1	TTATTTGAAAGCGAAGACAG	CGG	F	376	395	35	49.79
7	HPV16	E1	CTATTAGTAAGATATAAATG	TGG	F	829	848	20	49.35
8	HPV16	E1	ATGCTGGTACAGATTCTAGG	TGG	F	1706	1725	45	48.99
9	HPV16	E1	TTATTTACATAATAGATTGG	TGG	F	1731	1750	20	48.26
10	HPV16	E1	GGATGTAAAGCATAGACCAT	TGG	F	1641	1660	40	47.02
11	HPV16	E1	CCATGTAGTCAGTATAGTGG	TGG	F	466	485	45	46.06
12	HPV16	E1	TTAGATGTAATTAATAATGG	AGG	R	251	270	20	44.32
13	HPV16	E1	GCTGTACTACGCAATTTTGG	AGG	R	1004	1023	45	42.37
14	HPV16	E1	CTGATCCTGCAGGTACCAAT	GGG	F	5	24	50	42.35
15	HPV16	E1	CATCCACTAATATCACTAAG	TGG	R	1649	1668	35	42.22
16	HPV16	E1	GGATAAAATATAGATGTGAT	AGG	F	1274	1293	25	41.72
17	HPV16	E1	AACAAAGTAGAGCTGCAAAA	AGG	F	350	369	35	40.16
18	HPV18	E1	GGCAGAAAAAGGCAAAAAGG	CGG	F	362	381	45	66.61
19	HPV18	E1	ACGCACTTAAACGTTCCGAA	AGG	R	29	48	45	59.92
20	HPV18	E1	GGCAGAGCTAGAGACAGCAC	AGG	F	180	199	60	50.58
21	HPV18	E1	GCTATTGTAGACAAAAAAAC	AGG	F	64	83	30	49.57
22	HPV18	E1	GCTGATCCAGAAGGTACAGA	CGG	F	4	23	50	48.49
23	HPV18	E1	GGCGGCAATGTATGTAGTGG	CGG	F	466	485	55	47.74
24	HPV18	E1	ATCAAAGTATGTCCAACACG	TGG	R	355	374	40	45.64
25	HPV18	E1	GGGGAGGGCACGGGTTGTAA	CGG	F	25	44	65	44.19
26	HPV18	E1	TGATCCAGAAGGTACAGACG	GGG	F	6	25	50	43.84
27	HPV18	E1	ACTACAAATGGCGAACATGG	CGG	F	448	467	45	41.19
28	HPV18	E1	GGATTGCCATTTTTATCAAA	TGG	R	155	174	30	40.92
29	HPV18	E1	GGCATTGTTCCATGCGCAGG	AGG	F	201	220	60	40.9
30	HPV18	E1	GTAAACCCAACAATAGCAGA	AGG	F	748	767	40	40.71
31	HPV18	E1	TACGGAGGCTATAGACAACG	GGG	F	492	511	50	40.66
32	HPV18	E1	TCAATGTCTAGACTGTAAAT	GGG	F	813	832	30	40.48
33	HPV26	E1	GGTACAAATGAGGAGGGGCG	GGG	F	13	32	60	65.28
34	HPV26	E1	GGTGTGTGCAGCATTCGGTG	TGG	F	678	697	60	60.9
35	HPV26	E1	GCACATTTAATAACATACAT	AGG	R	1047	1066	25	59.31
36	HPV26	E1	GGACTGTGAAGGTACAAATG	AGG	F	3	22	45	55.12
37	HPV26	E1	TATAGTGGAAAAACATACAG	GGG	F	63	82	30	53.59
38	HPV26	E1	ACAGGCCAAAAGGAGAGCCG	TGG	F	354	373	60	52.73
39	HPV26	E1	GGGGGGGTCAAATGCCTCAG	TGG	F	486	505	65	51.12
40	HPV26	E1	GGATTCCCATTGCTGTCAAA	TGG	R	149	168	45	49.03
41	HPV26	E1	GGGGGCATGTAACTTGCAGT	AGG	R	267	286	55	47.59
42	HPV26	E1	GTGAAGGTACAAATGAGGAG	GGG	F	8	27	45	47.29
43	HPV26	E1	GTACAAATGAGGAGGGGCGG	GGG	F	14	33	60	42.96
44	HPV26	E1	GCTATAGTGGAAAAACATAC	AGG	F	61	80	35	42.83
45	HPV26	E1	AAGTGATTATGCAGAACAGG	AGG	F	165	184	40	42.62
46	HPV26	E1	GATCTATGTGTATGTCACAA	TGG	F	1223	1242	35	41.83
47	HPV31	E1	GGAAGCGGAGGAACATGCAG	AGG	F	219	238	60	61.57
48	HPV31	E1	TTAGATGTAATCAATAAAGG	AGG	R	251	270	25	55.22
49	HPV31	E1	GGCAGAAGCAGAGACAGCAC	AGG	F	180	199	60	54.13
50	HPV31	E1	GGGGAGGGGACGGGATGCAA	TGG	F	25	44	70	48.94
51	HPV31	E1	ATGCAGGTAAGGATGACAGA	TGG	F	1646	1665	45	47.84
52	HPV31	E1	ATACCTACATAGCAGACTGG	TGG	F	1671	1690	45	47.75
53	HPV31	E1	ATGCATATAGCTTTTAACCG	TGG	R	1550	1569	35	46.41
54	HPV31	E1	GCTGTGCTACGTAATTTGGG	TGG	R	1004	1023	50	45.86
55	HPV31	E1	TTAGTGACGAAGGTGACTGG	AGG	F	1238	1257	50	44.02
56	HPV31	E1	GTTTCATGCACAGGAAGCGG	AGG	F	207	226	55	43.3
57	HPV31	E1	AGTAATTGACAGACAGACAG	GGG	F	66	85	40	40.89
58	HPV31	E1	TGGATTATAATATTAGTCCA	CGG	F	302	321	25	40.33
59	HPV33	E1	TTATTAATAGACGTTCTACA	CGG	R	1595	1614	25	60.56
60	HPV33	E1	ATAGATGAGCTAGAAGACAG	CGG	F	373	392	40	51.94
61	HPV33	E1	GGCATATGATAACGAGTTAA	CGG	F	1068	1087	35	51.09
62	HPV33	E1	GTATTTGAGGTAAGAAGCAG	TGG	R	254	273	40	48.2
63	HPV33	E1	GTAAAATGTCAATAGGACAA	TGG	F	1232	1251	30	46.15
64	HPV33	E1	GGGGCTGGGATGGGGTGTAC	TGG	F	25	44	70	45.89
65	HPV33	E1	TATATTATATAAATTTAAAG	AGG	F	597	616	5	43.87
66	HPV33	E1	GCAGTCATAGAGAGAAGAAC	AGG	F	64	83	45	43.25
67	HPV33	E1	GATGAAACAGCAGATGACAG	TGG	F	109	128	45	42.69
68	HPV33	E1	GGGTTACCATTTTCATCAAA	TGG	R	158	177	35	41.92
69	HPV33	E1	GGTACAAATGGGGCTGGGAT	GGG	F	16	35	55	41.29
70	HPV33	E1	CAACAGGTAGAAAGTCAAAA	TGG	F	433	452	35	40.54
71	HPV35	E1	GGAGGAGCAAACACACAAAG	AGG	F	222	241	50	56.55
72	HPV35	E1	GGGGTACTACGTAATTTTGG	TGG	R	1010	1029	45	53.15
73	HPV35	E1	TTATTTGAACTACCAGACAG	CGG	F	376	395	35	51.14
74	HPV35	E1	TTATCATTAAGCCCATACAC	TGG	R	137	156	35	50.87
75	HPV35	E1	GGACGATGACGGTGACTGGA	GGG	F	1257	1276	60	49.25
76	HPV35	E1	CAGTAGTTAGTAGACGTACG	GGG	F	68	87	45	47.24
77	HPV35	E1	ATATTTGATGTAATAAGTAA	AGG	R	254	273	15	46.18
78	HPV35	E1	GGGTTTCCATTTTTATCAAA	TGG	R	158	177	30	44.92
79	HPV35	E1	TTTGATGTAATAAGTAAAGG	TGG	R	257	276	25	44.67
80	HPV35	E1	ATATGTATATATAAACAATA	TGG	R	1166	1185	10	44.52
81	HPV35	E1	GCAGGTACAGATGAAGGGGA	GGG	F	13	32	55	43.45
82	HPV35	E1	GGGGAGGGGACGGGATGTAA	TGG	F	28	47	65	42.83
83	HPV35	E1	ATACTTACATAGCAGGGTAG	TGG	F	1689	1708	40	41.91
84	HPV35	E1	ATATATGGAGCACCAAACAC	AGG	F	1381	1400	40	41.37
85	HPV35	E1	AATGAAGATGACTGTGACAG	GGG	F	112	131	40	40.51
86	HPV35	E1	ATGCAAATAGCTTTTAAACG	TGG	R	1571	1590	30	40.18
87	HPV39	E1	GGGGATGCTGAAGGGGAACA	TGG	F	466	485	60	59.17
88	HPV39	E1	GTTACAATCCAATAACAAAA	AGG	F	582	601	25	56.84
89	HPV39	E1	GCAATAGTAGATAAACAAAC	AGG	F	64	83	30	50.37
90	HPV39	E1	GGAAGTGGAAACAGCTGAAG	TGG	F	414	433	50	49.38
91	HPV39	E1	TTATCATTGATTGTGTACAC	TGG	R	134	153	30	49.17
92	HPV39	E1	GGAAACAGCTGAAGTGGAGG	AGG	F	420	439	55	45.75
93	HPV39	E1	GGTATGCAATAAGTTTAGAT	AGG	F	1616	1635	30	45.46
94	HPV39	E1	CAAAGCTTAGACACAAAACA	AGG	F	784	803	35	44.7
95	HPV39	E1	ATATCTTAAGAATTGTACTA	TGG	R	610	629	20	43.84
96	HPV39	E1	ATGCTAATAAGATATACATG	TGG	F	820	839	25	43.67
97	HPV39	E1	AAAGTAGGCAGGAATACCAG	GGG	F	304	323	45	43.22
98	HPV39	E1	ACATATGCAAGAGGCCCAAA	GGG	F	210	229	45	43.02
99	HPV39	E1	CCCATTGTACCATGTCCGAT	AGG	R	864	883	50	42.71
100	HPV39	E1	GTGTATTCCGTGCCAGACAG	CGG	F	379	398	55	42.31
101	HPV39	E1	GGGGATGGGTCGGGATGTAA	CGG	F	25	44	60	41.97
102	HPV39	E1	GTACATCCAACTATTGCAGA	AGG	F	718	737	40	41.47
103	HPV39	E1	GCACTGCTTGTGCATCCCTT	TGG	R	1698	1717	55	40.78
104	HPV39	E1	GCCAATCGTGAAGGTACAGA	CGG	F	4	23	50	40.46
105	HPV39	E1	ATATGAGAAATGCATTAGAT	GGG	F	1595	1614	25	40.14
106	HPV39	E1	AGGTATATCCAATATTAGTG	TGG	F	963	982	30	40.01
107	HPV45	E1	GGATCCAGAAGGTACCGACG	GGG	F	6	25	60	67.77
108	HPV45	E1	AATTGTAGAGAAAAAAACAG	GGG	F	66	85	25	61.66
109	HPV45	E1	ACGCACTTAAACGTTCCGAA	AGG	R	29	48	45	59.92
110	HPV45	E1	GGAAGTTCAGAATGATGCAC	AGG	F	219	238	45	51.02
111	HPV45	E1	GGCAGAGCAAGAGACAGCAC	AGG	F	180	199	60	50.59
112	HPV45	E1	GGCACAAAAAAGCAAAACGA	CGG	F	362	381	40	49.61
113	HPV45	E1	GGGGAGGGAACGGGGTGTAA	TGG	F	25	44	65	47.52
114	HPV45	E1	GTACATAGTACACAAAGTAG	TGG	F	481	500	35	46.4
115	HPV45	E1	AATGAAATTTCTTGTAACCG	TGG	R	1580	1599	30	45.86
116	HPV45	E1	GCTTTATTAAGATATAAATG	TGG	F	808	827	20	44.95
117	HPV45	E1	ACAATTGTAGAGAAAAAAAC	AGG	F	64	83	25	43.86
118	HPV45	E1	AGACTGACAATTATTCAACA	TGG	F	1003	1022	30	40.73
119	HPV51	E1	GCAATAGTAGAAAAAAAAAC	AGG	F	61	80	25	53.64
120	HPV51	E1	GTATAGATGTGATAGAGCAA	AGG	F	1239	1258	35	51.97
121	HPV51	E1	GAACAGTGTGTGTAGTAGCG	GGG	F	456	475	50	50.27
122	HPV51	E1	GTAGTATAGATAGAAAACAT	AGG	F	1592	1611	25	49.6
123	HPV51	E1	GGTGTACTACGTAATTTTGG	TGG	R	1001	1020	40	49.48
124	HPV51	E1	GGCGGAACAGGAGACAGCAC	GGG	F	177	196	65	45.67
125	HPV51	E1	ATATATGGCCCACCAAACAC	AGG	F	1381	1400	45	44.9
126	HPV51	E1	TGATTTGTAATGTCTCCTAA	TGG	R	1598	1617	30	44.4
127	HPV51	E1	CCTGGCACACATTTAAACGG	TGG	R	23	42	50	43.02
128	HPV51	E1	CCTAATGTATTTACATACAA	GGG	F	1683	1702	25	41.87
129	HPV51	E1	GTACAGAGGATGAGGGGGCG	GGG	F	14	33	65	41.59
130	HPV51	E1	TTAAATTTTCTGCTACCATT	GGG	R	1194	1213	25	41.25
131	HPV51	E1	ACAGTGTGTGTAGTAGCGGG	GGG	F	458	477	55	40.31
132	HPV52	E1	GGAGGACCCTGAAGGTACAG	AGG	F	3	22	60	63.22
133	HPV52	E1	GCAATAATAGAAAAACAAAC	AGG	F	64	83	25	59.58
134	HPV52	E1	CCATGTGTAGACATTATAAA	CGG	F	1208	1227	30	50.51
135	HPV52	E1	GTAACAGTAGTCAATCAAGT	GGG	F	467	486	35	49.31
136	HPV52	E1	ATAGAAGTAGTTGTACAGAT	TGG	F	674	693	30	47.57
137	HPV52	E1	GGTACAGAGGGCGAAAGGGA	GGG	F	16	35	60	46.04
138	HPV52	E1	AGGTACAGAGGGCGAAAGGG	AGG	F	15	34	60	44.58
139	HPV52	E1	CCATGTCACGTAGAAGACAG	CGG	F	373	392	50	44.37
140	HPV52	E1	AGGTTTGTCTAATATTAGTG	AGG	F	960	979	30	41.04
141	HPV52	E1	AGTAACAGTAGTCAATCAAG	TGG	F	466	485	35	40.64
142	HPV52	E1	TTATATGGACCTGCAAACAC	AGG	F	1411	1430	40	40.5
143	HPV53	E1	AAAAGTATAATGCAACCGCA	GGG	R	987	1006	35	61.76
144	HPV53	E1	GGTACAGGAACAGTATGTAA	GGG	F	396	415	40	57.09
145	HPV53	E1	GGCGGGAAAGAGCAAAATGG	AGG	F	427	446	55	53.31
146	HPV53	E1	ACAGTTCCTAAGGTATCAAG	GGG	F	1290	1309	40	44.91
147	HPV53	E1	GCAATAGTAAAAAAACGTAC	AGG	F	61	80	30	42.77
148	HPV53	E1	CTGAAGGTACAGATGATGAG	GGG	F	11	30	45	42.6
149	HPV53	E1	GCAATGTTTAACATGTACAT	GGG	F	753	772	30	42.3
150	HPV53	E1	TTTAACATGTACATGGGGCG	TGG	F	759	778	45	42.27
151	HPV53	E1	TGATTACTAATATCACCTAA	TGG	R	1619	1638	25	41.79
152	HPV53	E1	GCAGGGCTACGTATTTTTGG	AGG	R	1004	1023	50	40.92
153	HPV53	E1	ATCTGAAGATGAAACAGACG	AGG	F	93	112	40	40.31
154	HPV56	E1	TTATCAGACCTACAAGACAG	CGG	F	340	359	40	58.94
155	HPV56	E1	GCAATTGTAGAAAAAAAAAC	AGG	F	64	83	25	51.59
156	HPV56	E1	AATGTTTCTTTACAAGGACG	TGG	F	1790	1809	35	48.59
157	HPV56	E1	ATTAAATTTGGATAACGACG	AGG	F	1818	1837	30	47.41
158	HPV56	E1	GGTACAGATGGGGAGGGGAA	GGG	F	16	35	60	45.85
159	HPV56	E1	ATATCTTAAAAATTGTACAA	TGG	R	607	626	15	44.75
160	HPV56	E1	TGTTAATGAAACATTAGCCG	AGG	F	687	706	35	43.54
161	HPV56	E1	TATGTAGTAAAACAGATGAA	GGG	F	1247	1266	25	43.01
162	HPV56	E1	GCAATGTTTAACATGTACAT	GGG	F	753	772	30	42.3
163	HPV56	E1	CAGCGGGTATGGCAATACAT	TGG	F	357	376	50	41.6
164	HPV56	E1	GCGTCACCTGAAGGTACAGA	TGG	F	4	23	55	41.59
165	HPV56	E1	GGATTACCATTATTATCTAA	TGG	R	152	171	25	41.59
166	HPV56	E1	TAATGTGTAGACATTATAAA	AGG	F	1181	1200	20	40.7
167	HPV56	E1	ATATGATAATACATACAGTG	TGG	R	1160	1179	25	40.48
168	HPV56	E1	GGGTGCGGGAATACACAAAA	TGG	F	427	446	50	40.42
169	HPV58	E1	TATAAAAGAGCAGAAAAGCG	TGG	F	1213	1232	35	46.92
170	HPV58	E1	GCAAAAATAGTAAAAGACTG	TGG	F	1174	1193	30	45.94
171	HPV58	E1	ATATTACTAATATTTTGTAA	TGG	R	1367	1386	10	45.67
172	HPV58	E1	ATGCAGGCAAAGATTCACGA	TGG	F	1685	1704	45	44.12
173	HPV58	E1	GGTACAAACGGGGTAGGGGC	GGG	F	16	35	65	43.86
174	HPV58	E1	TGACCCTGAAGGTACAAACG	GGG	F	6	25	50	42.03
175	HPV58	E1	GATGACCCTGAAGGTACAAA	CGG	F	4	23	45	41.55
176	HPV59	E1	GCTCGAGACTCAGGTAACCG	TGG	F	423	442	60	58.88
177	HPV59	E1	TTAATGTGCAGGAAGCCCAA	AGG	F	209	228	45	58.8
178	HPV59	E1	GATGTGATAAAATAGAAGAG	GGG	F	1268	1287	30	58.35
179	HPV59	E1	TTAATAACAGTGCCAGACAG	CGG	F	376	395	40	52.27
180	HPV59	E1	GTATTTGATGTAATAAGCAT	TGG	R	251	270	25	52.11
181	HPV59	E1	GCATTTCCCGTGCATCCCTT	TGG	R	1689	1708	55	49.8
182	HPV59	E1	GGGGAAGGGACGGGGTGCAA	TGG	F	25	44	70	49.15
183	HPV59	E1	GGATTTCTATTTTTGTCAAA	TGG	R	155	174	25	47.62
184	HPV59	E1	ATCCAGTTACAGATAACAGG	TGG	F	1688	1707	40	47.16
185	HPV59	E1	TATATGTGCATATAGCACAT	AGG	R	1162	1181	30	45.74
186	HPV59	E1	GCATTATTAAGATATAAATG	TGG	F	811	830	20	45.04
187	HPV59	E1	GCAATAGTAGATAAAAAAAC	AGG	F	64	83	25	44.93
188	HPV59	E1	GTACAGATGGGGAAGGGACG	GGG	F	17	36	60	44.82
189	HPV59	E1	GGTACAGATGGGGAAGGGAC	GGG	F	16	35	60	43.82
190	HPV59	E1	ACACCACTACGCAATTTGGG	TGG	R	1007	1026	50	43.63
191	HPV59	E1	ACAGAACTACCTGTAGCGAT	TGG	F	668	687	45	42.07
192	HPV59	E1	TTATAGGGGAAACGCCCGAA	TGG	F	977	996	50	41.47
193	HPV59	E1	GAGATGTGATAAAATAGAAG	AGG	F	1266	1285	30	40.84
194	HPV59	E1	GTTGCTTTTTAAAAATGCAG	CGG	R	766	785	30	40.53
195	HPV59	E1	AATGTTTTTTTGAAAGGACG	TGG	F	1811	1830	30	40.24
196	HPV66	E1	TTAGTTGTAATAATAACTGG	AGG	R	251	270	25	60.88
197	HPV66	E1	CTAATATTATCAGAAGACAG	CGG	F	334	353	30	60.46
198	HPV66	E1	TCAGCAAACTGTGTACCGAG	AGG	F	297	316	50	55.73
199	HPV66	E1	AATTGTAGAAAGAAAAACGG	GGG	F	66	85	30	52.69
200	HPV66	E1	GGGTGCGGGAGCTCACAAAA	TGG	F	418	437	60	49.46
201	HPV66	E1	GCATCACCTGAAGGTACAGA	TGG	F	4	23	50	49.11
202	HPV66	E1	GCAATTGTAGAAAGAAAAAC	GGG	F	64	83	30	47.44
203	HPV66	E1	ATTAAATTTGGATAACGACG	AGG	F	1800	1819	30	47.41
204	HPV66	E1	ATATCGTAAAAATTGCACAA	TGG	R	607	626	25	47.17
205	HPV66	E1	ATAGTACATGTTGTAACGAT	TGG	F	629	648	30	46.13
206	HPV66	E1	TAATGTGTAGACATTACAAA	AGG	F	1163	1182	25	45.26
207	HPV66	E1	GGAATCCCATAAGTTTAGAT	AGG	F	1568	1587	35	43.8
208	HPV66	E1	GGTACAGATGGGGAGGGGAT	GGG	F	16	35	60	43.56
209	HPV66	E1	AATATCAGATGATGAAAGCG	AGG	F	93	112	35	42.04
210	HPV66	E1	AATTGTCTAAAATGGTACAG	TGG	F	1010	1029	30	41.66
211	HPV66	E1	CAGCGGGTATGGCAATACAT	TGG	F	351	370	50	41.6
212	HPV66	E1	CTAGTGGCTGTAACCAAAAG	TGG	R	411	430	45	41.34
213	HPV66	E1	TATGTAGTAAAGTAGATGAA	GGG	F	1229	1248	25	40.98
214	HPV66	E1	GCAATTTTTACGATATCAAG	GGG	F	1272	1291	30	40.9
215	HPV68	E1	GGAAGTGGAAACTAACTCGG	AGG	F	390	409	50	78.55
216	HPV68	E1	GGGAGGATGGGGAAAATGAA	GGG	F	437	456	50	62.34
217	HPV68	E1	GGGGAGGATGGGGAAAATGA	AGG	F	436	455	55	54.08
218	HPV68	E1	CCAATTGTGAAGGTACCGAT	GGG	F	5	24	45	53.78
219	HPV68	E1	TTATCATTGATTGTATACAC	TGG	R	134	153	25	50.86
220	HPV68	E1	GGTACTTTTGAATATGCAAG	AGG	F	201	220	35	50.81
221	HPV68	E1	GCAATAGTAGATAAACAAAC	AGG	F	64	83	30	50.37
222	HPV68	E1	GGGGAAAATGAAGGGGAAAA	TGG	F	445	464	45	49.29
223	HPV68	E1	GGAAAAAATAGAATAACAGT	AGG	F	820	839	25	46.67
224	HPV68	E1	GGAGGATGGGGAAAATGAAG	GGG	F	438	457	50	45.91
225	HPV68	E1	GTAAATCCAACCATTGCGGA	AGG	F	697	716	45	45.31
226	HPV68	E1	GGGGACGGGACGGGGTGTAA	CGG	F	25	44	70	44.75
227	HPV68	E1	CAATGTGTAGACATTACAAA	CGG	F	1190	1209	30	42.66
228	HPV68	E1	GTACCGATGGGGACGGGACG	GGG	F	17	36	70	42.5
229	HPV68	E1	CTAACCCTGTAGAAGACAAT	AGG	F	1673	1692	40	42.36
230	HPV68	E1	AAATGGCGACAGTATACGGG	AGG	F	462	481	50	42.19
231	HPV68	E1	GGGTTCCTGTTTTGGTCAAA	TGG	R	155	174	45	40.91
232	HPV68	E1	ATTGTAATAATACTTTAAGT	TGG	R	1356	1375	15	40.15
233	HPV73	E1	GACCCACTACTGCTTTCACG	TGG	R	1424	1443	55	62.63
234	HPV73	E1	GGGAAGGGAGGTGTACGGGA	TGG	F	20	39	65	59.15
235	HPV73	E1	GGGTTCCCATTACTGTCAAA	TGG	R	152	171	45	49.12
236	HPV73	E1	GGATGAAAATTATGATGGAG	GGG	F	93	112	35	48.31
237	HPV73	E1	AATGTATTGTCAATAAGTAG	CGG	F	334	353	25	47.37
238	HPV73	E1	CATTGTAGAAAGAAAAACAG	GGG	F	57	76	30	47.22
239	HPV73	E1	AAGCATTTTTTACAAAAACG	TGG	F	1832	1851	25	45.02
240	HPV73	E1	AGTGGAAACTTACGAGACAG	AGG	F	417	436	45	44.17
241	HPV73	E1	GCAGTGTTTAACATGTACAT	GGG	F	795	814	35	44.02
242	HPV73	E1	GTCAAAACTAGATTTAACAG	AGG	F	1854	1873	30	42.67
243	HPV73	E1	GGTGTACTTCGTAGTCTTGG	AGG	R	1004	1023	50	40.99
244	HPV82	E1	GCATATACAGGATTCCCATG	GGG	R	140	159	45	54.87
245	HPV82	E1	TGTGACAAAGTGCAAGACGG	GGG	F	1270	1289	50	52.13
246	HPV82	E1	GAAAGTTTCTAGGCAGTCCG	CGG	F	257	276	50	50.85
247	HPV82	E1	GCATTTCCATTTGACCCCCA	TGG	F	1753	1772	50	48.35
248	HPV82	E1	ATATTTGAGGTAATAAGCAA	TGG	R	245	264	25	47.89
249	HPV82	E1	TCTTTTAATGGGCTGCTCCG	CGG	R	1634	1653	50	47.63
250	HPV82	E1	GGCAGTAGTTGACAAAAAAA	CGG	F	60	79	35	47.08
251	HPV82	E1	GTATTTGTAGTCAGGCGGAA	CGG	F	164	183	45	46.42
252	HPV82	E1	GTGCATATACAGGATTCCCA	TGG	R	138	157	45	44.59
253	HPV82	E1	ATAGTATGTGTAGTGGCGGG	GGG	F	470	489	50	44.43
254	HPV82	E1	GTTTAATTAGATTTTTGCAA	GGG	F	1448	1467	20	44
255	HPV82	E1	AGGAAGATACAAATGATACA	GGG	F	107	126	30	42.18
256	HPV82	E1	ACACATTTAAACGATGACAT	AGG	R	29	48	30	41.88
257	HPV82	E1	GTACAGAGGATGAGGGGGCG	GGG	F	14	33	65	41.59
258	HPV82	E1	GGATTCCCATGGGGGTCAAA	TGG	R	149	168	55	41.58
259	HPV82	E1	GCTAAATTTTTGCGATACCA	GGG	F	1309	1328	35	40.6