HPVomics

A therapeutic and epitome resource for Human Papillomaviruses

Efficient putative sgRNAs (CRISPR/Cas9 targets)

---

S.No.	HPV type	Target region	sgRNA seuences	PAM	Strand(F/R)	Start	End	GC (%)	Predicted effeciency (%)
1	HPV6	E2	CCTTGTGTCCTCAAGCACCA	AGG	F	663	682	55	62.24
2	HPV6	E2	GGTGCTTGAGGACACAAGGG	TGG	R	427	446	60	54.31
3	HPV6	E2	CTGAGTATAGTATGGAACCG	TGG	F	254	273	45	49.14
4	HPV6	E2	GGACAATGACACCTGGGTAA	AGG	F	420	439	50	46.73
5	HPV6	E2	CATATGATAGTGAGGAACAA	AGG	F	1007	1026	35	45.71
6	HPV6	E2	CTTGGTGCTTGAGGACACAA	GGG	R	424	443	50	44.35
7	HPV6	E2	GTATGTAGTAGATTCAGGAA	TGG	R	466	485	35	44.24
8	HPV6	E2	GTAGTGCTAGATACAGATGC	AGG	R	500	519	45	43.37
9	HPV6	E2	TGGCTGTGCAAACAATACAA	TGG	F	366	385	40	41.62
10	HPV6	E2	TTAAAGGTGTCCGAAGCAAA	AGG	F	184	203	40	41.25
11	HPV6	E2	GCTTGAGGACACAAGGGTGG	AGG	R	430	449	60	41.11
12	HPV6	E2	TTGATTTAATATCATCAACG	TGG	F	935	954	25	40.19
13	HPV11	E2	GGTGCAGGCGGACACTGTAG	GGG	R	421	440	65	62.19
14	HPV11	E2	GTATGTAGTAGGTTCAGCAA	TGG	R	463	482	40	47.95
15	HPV11	E2	TACAGTGTCCGCCTGCACCA	CGG	F	666	685	60	46.98
16	HPV11	E2	TTAACTGTGTCAGAGACTAA	AGG	F	184	203	35	45.54
17	HPV11	E2	TTAGTCTCTGACACAGTTAA	TGG	R	902	921	35	45.3
18	HPV11	E2	CCACCATTAGGCATAAGGTG	GGG	F	1058	1077	50	43.79
19	HPV11	E2	ACGCCTATAGTGCAACTGCA	AGG	F	850	869	50	41.95
20	HPV11	E2	TGTGGCCAACATCAGATCCG	TGG	F	753	772	55	40.41
21	HPV40	E2	GGTGGATGATGCATGGACAA	AGG	F	420	439	50	62.94
22	HPV40	E2	GGGGGCGTCGGGGGTGTCGG	TGG	R	439	458	85	55.62
23	HPV40	E2	GTAATTCCTCAACTACATGG	AGG	F	950	969	40	54.25
24	HPV40	E2	GGTGTCGGTGGCAGTGGTCG	GGG	R	451	470	70	51.97
25	HPV40	E2	GGCGTCAGCAGTCTCAACAA	TGG	R	478	497	55	51.54
26	HPV40	E2	GGCGGGGCCGACCGTTTCGG	TGG	R	406	425	80	49.52
27	HPV40	E2	CCTGACCCTGAAAGCAACAA	CGG	F	817	836	50	47.63
28	HPV40	E2	ATATTATGTAGACTTTGCAA	AGG	F	498	517	25	47.09
29	HPV40	E2	CTAAACTTGGCACCACCTGG	TGG	R	927	946	55	45.13
30	HPV40	E2	ACAGCGACCACCGAAACGGT	CGG	F	679	698	60	44.97
31	HPV40	E2	ACTGTGGGCAAATCACTCGG	AGG	F	760	779	55	44.53
32	HPV40	E2	ACACCTATAATACAATTAGA	AGG	F	868	887	25	44
33	HPV40	E2	GGGGTGTCGGTGGCAGTGGT	CGG	R	449	468	70	43.71
34	HPV40	E2	GGGCACAGGAACTGTGGTGG	AGG	F	838	857	65	42.93
35	HPV40	E2	TAAACATTTAGGCCACCAGG	TGG	F	153	172	45	41.25
36	HPV40	E2	CGTATGGGAAAACAAATAGG	TGG	F	530	549	40	40.92
37	HPV40	E2	CTGAATATAATGTAGAGCCA	TGG	F	254	273	35	40.74
38	HPV42	E2	GCGTAGCCTGACTTCCACAG	TGG	R	261	280	60	57.86
39	HPV42	E2	TAAAAAACAAGGACGTACCG	TGG	F	330	349	40	53.46
40	HPV42	E2	ATACAGGATTTTATCCCAGA	AGG	R	32	51	35	46.99
41	HPV42	E2	CCATGGTTCTTTACCATACG	AGG	R	922	941	45	46.74
42	HPV42	E2	ATATATATACAAACTGTGCA	AGG	F	409	428	25	45.12
43	HPV42	E2	ATATGGGGTAACAGACCAAT	GGG	F	534	553	40	42.57
44	HPV42	E2	ATGTAGAGCCAAGGCCCACA	TGG	F	192	211	55	40.53
45	HPV43	E2	CTGAATATAGCCTAGAACCG	TGG	F	254	273	45	58.29
46	HPV43	E2	GGTGCACGTGGAATCTGGGA	CGG	R	433	452	60	58
47	HPV43	E2	GGTTGTGCCCTCTAGGGTGG	TGG	R	264	283	65	54.21
48	HPV43	E2	CACCCTAGAGGGCACAACCG	TGG	F	835	854	65	50
49	HPV43	E2	TAAACATCTAGGCCACCAGG	TGG	F	153	172	50	47.76
50	HPV43	E2	CATATATTAGTGAACAACAG	AGG	F	1022	1041	30	46.99
51	HPV43	E2	TTGCTGATGTGTCATCCACA	TGG	F	947	966	45	46.96
52	HPV43	E2	GTACATATATGTCTGACCAT	AGG	R	699	718	35	45.74
53	HPV43	E2	TTATGTAGAATTTCATAAAG	AGG	F	501	520	20	43.88
54	HPV43	E2	AGATTCAGTAGACGCAACAG	AGG	R	475	494	45	43.05
55	HPV43	E2	ATAGGCCTTCATAGTCCACA	TGG	R	645	664	45	42.75
56	HPV43	E2	GCGTCTACTGAATCTGACAC	CGG	F	628	647	50	42.67
57	HPV43	E2	ACATCATTGTTAATGCTCCC	AGG	R	3	33	40	41.32
58	HPV43	E2	CTAGCTGTGGCACCACCTGG	TGG	R	930	949	65	40.93
59	HPV43	E2	ATATTATAAAGCAAGAGAGG	CGG	F	126	145	30	40.3
60	HPV43	E2	ATTATATTATAAAGCAAGAG	AGG	F	123	142	20	40.03
61	HPV44	E2	CCGCCATGTAAACGACCCCG	AGG	F	724	743	65	62.31
62	HPV44	E2	GGTGGTGGTGGTGGAGGAGG	AGG	R	469	488	70	61.72
63	HPV44	E2	GGGTTGTATTATGTACATGG	TGG	F	466	485	40	58.88
64	HPV44	E2	GGATGAGGCCTGTGCAAGGG	TGG	R	451	470	65	58.85
65	HPV44	E2	TTAGCAGTGTCACAGACAAA	GGG	F	184	203	40	52.85
66	HPV44	E2	ACTGCCCATTGGCACCGCCG	AGG	F	687	706	70	51.37
67	HPV44	E2	TGTCAGAAACAGCGACTCCG	TGG	F	786	805	55	47.81
68	HPV44	E2	GGACATTGCAAGAGACAAGT	CGG	F	275	294	45	47.21
69	HPV44	E2	GCCTCATCCACACTGCCCAT	TGG	F	676	695	60	47.12
70	HPV44	E2	GGCGTTGTTGGTGTTTGTGG	GGG	R	364	383	55	45.08
71	HPV44	E2	TTACAAAACATATACAACAT	TGG	F	77	96	20	43.69
72	HPV44	E2	GGCCTGTGCAAGGGTGGTGG	TGG	R	457	476	70	43.56
73	HPV44	E2	TGGCACCGCCGAGGACTGCG	TGG	F	696	715	75	41.36
74	HPV44	E2	AATATGGGAACTCTTTACAA	TGG	F	530	549	30	40.41
75	HPV54	E2	GGAGTTGTCGGTACGTGGTG	TGG	R	412	431	60	66.64
76	HPV54	E2	ACACAGCACCTCAGACCCCG	TGG	F	762	781	65	60.12
77	HPV54	E2	AATGACATAGATATACTAGG	TGG	R	20	39	30	53.84
78	HPV54	E2	GGACAGTGGGAGGTGCGTAT	GGG	F	550	569	60	49.71
79	HPV54	E2	CCTATAGTAGTGTAGAACAA	AGG	F	1013	1032	35	49.31
80	HPV54	E2	CTAGCTCGTTTTCTAGGCGG	CGG	R	368	387	55	48.47
81	HPV54	E2	ACTGGTTGCTTAAAAAGACG	TGG	F	319	338	40	47.85
82	HPV54	E2	CAGTATACAGCACCGAACCG	TGG	F	254	273	55	47.2
83	HPV54	E2	TAGAGGACCAAATAGAACAT	TGG	F	77	96	35	45.09
84	HPV54	E2	GTATTATGTGGATTTTAAAA	AGG	F	504	523	20	40.44
85	HPV61	E2	GGGTGGACAGTACTGACCAG	TGG	F	821	840	60	70.14
86	HPV61	E2	GGGCCTATATTATGAAATGG	AGG	F	477	496	40	58.89
87	HPV61	E2	GGGGGTGGTGGTGGTCTGTG	TGG	R	448	467	70	58.23
88	HPV61	E2	AATCGTGTAACCATTCCAAA	GGG	F	1087	1106	35	53.94
89	HPV61	E2	GGGTGGGGCCCACGCACGTG	GGG	R	429	448	80	53.11
90	HPV61	E2	GGTGGGGCCCACGCACGTGG	GGG	R	430	449	80	51.46
91	HPV61	E2	GGGGCCCACGCACGTGGGGG	TGG	R	433	452	85	47.19
92	HPV61	E2	TGGCGAGGACCACAAAGCAG	TGG	F	372	391	60	44.97
93	HPV61	E2	GGCAAATGGGAGGTACATAT	GGG	F	556	575	45	43.82
94	HPV61	E2	GGCCTATATTATGAAATGGA	GGG	F	478	497	35	43.34
95	HPV61	E2	TTGACAAAGCATCATCCACA	TGG	F	980	999	40	41.4
96	HPV61	E2	GCAGTGGCTTGTATACCCTT	TGG	R	26	45	50	41.03
97	HPV61	E2	TTTTTCTTCCAGCATCGTTG	TGG	R	806	825	40	40.41
98	HPV70	E2	GCATACTATAGACCACCAGG	TGG	F	168	187	50	62.51
99	HPV70	E2	ATAAAACACATACAGACACG	TGG	F	431	450	35	56.41
100	HPV70	E2	GGTGTGGTACGATGGAAACA	AGG	F	369	388	50	52.58
101	HPV70	E2	GTAAAGGCTGCAACAAACGA	CGG	F	797	816	45	49.91
102	HPV70	E2	GCTTTTGAAGTAGTGCCTGG	TGG	R	869	888	50	48.24
103	HPV70	E2	ACACGTGGTGTAAAACAGAA	GGG	F	446	465	40	42.66
104	HPV70	E2	GGTGCATGGGGTTGTTGCGG	CGG	R	373	392	65	41.48
105	HPV70	E2	GGCAAGGGAAGTAAACATAC	AGG	F	955	974	45	40.81
106	HPV70	E2	ATATTTCATGTACTTGGCAT	TGG	F	926	945	30	40.36
107	HPV70	E2	TGTTGCGGCGGTATGGGCCG	GGG	R	385	404	70	40.12
108	HPV72	E2	GGCGTGACAGTGCTGACCAG	TGG	F	824	843	65	56.48
109	HPV72	E2	ATATGGGGACACAAACACAT	GGG	F	543	562	40	56.34
110	HPV72	E2	GGTATGTGGATACTGACCAA	CGG	F	1058	1077	45	51.99
111	HPV72	E2	AAGTCGTGTGAACATTCCAA	AGG	F	1092	1111	40	47.29
112	HPV72	E2	GGGGCCCACGCACGTGGCGG	TGG	R	442	461	85	47.26
113	HPV72	E2	TACCCATGTAGGCCACCAGG	TGG	F	159	178	60	45.25
114	HPV72	E2	AATGTGCATTTGTAACACTG	TGG	F	1037	1056	35	44.22
115	HPV72	E2	AGTCGTGTGAACATTCCAAA	GGG	F	1093	1112	40	42.86
116	HPV72	E2	TATTTATGTGCAAAGTACAG	AGG	F	414	433	30	41.16
117	HPV72	E2	GCACCTATAATACATTTAAA	AGG	F	904	923	25	41.09
118	HPV72	E2	TGTGGAATGCACACCCACAA	CGG	F	308	327	50	40.58
119	HPV81	E2	GCACCTGTAATACATTTGCG	AGG	F	886	905	45	72.81
120	HPV81	E2	GGGCCCCGCCAAGACCACCA	AGG	F	702	721	75	62.19
121	HPV81	E2	GGTGGACAATAACAAATCAG	GGG	F	810	829	40	62.05
122	HPV81	E2	GCGAGTATAAAGATGAACCA	TGG	F	254	273	40	60.45
123	HPV81	E2	GGTACTGGTGGCGGGTTCGG	GGG	R	445	464	70	53.39
124	HPV81	E2	ACAACGTGTGACAATACCAA	AGG	F	1074	1093	40	51.03
125	HPV81	E2	GGGGCCTTGGTGGTCTTGGC	GGG	R	410	429	70	50.02
126	HPV81	E2	GGGCCTTGGTGGTCTTGGCG	GGG	R	411	430	70	49.45
127	HPV81	E2	GGGCTGTACTACGAACTGGA	GGG	F	472	491	55	49.06
128	HPV81	E2	GATGCTGGAAGAAAAAAGGA	CGG	F	323	342	40	48.51
129	HPV81	E2	AATGCACTGCTATAGCCTGG	TGG	R	909	928	50	47.41
130	HPV81	E2	GGGGCCCACGTGCTGGGTAC	TGG	R	430	449	75	45.48
131	HPV81	E2	TGCACCACCGAACATCTGGG	TGG	F	792	811	60	44.83
132	HPV81	E2	CAACGTGTGACAATACCAAA	GGG	F	1075	1094	40	44.49
133	HPV81	E2	ATATGGGGAGCACAACAAAT	GGG	F	537	556	40	43.82
134	HPV81	E2	TTTTTCTTCCAGCATCCCTT	TGG	R	800	819	40	43.65
135	HPV81	E2	ACAGGTCCAATGCCATGTGG	AGG	R	136	155	55	43.3
136	HPV81	E2	TCCACAGGTCCAATGCCATG	TGG	R	133	152	55	41.59
137	HPV81	E2	GGGTGGACAATAACAAATCA	GGG	F	809	828	40	40.85