HPVomics

Predicted highly potential siRNAs (LR-HPVs)

S.No.	HPV type	HPV target region	Start position	End position	Sense	Antisense	Inhibition (%)	Off-target (seed)
1	HPV44	E7	1	19	atgcatggaaactatacta	tagtatagtttccatgcat	51.09	47
2	HPV44	E7	3	21	gcatggaaactatactacc	ggtagtatagtttccatgc	59.99	44
3	HPV44	E7	102	120	tgaggtggatgaactagcc	ggctagttcatccacctca	58.01	50
4	HPV44	E7	103	121	gaggtggatgaactagcca	tggctagttcatccacctc	58.07	45
5	HPV44	E7	106	124	gtggatgaactagccacgc	gcgtggctagttcatccac	52.4	46
6	HPV44	E7	109	127	gatgaactagccacgcaag	cttgcgtggctagttcatc	56.18	9
7	HPV44	E7	110	128	atgaactagccacgcaagc	gcttgcgtggctagttcat	50.85	18
8	HPV44	E7	124	142	caagccacgcaagacgtta	taacgtcttgcgtggcttg	50.58	35
9	HPV44	E7	128	146	ccacgcaagacgttacaca	tgtgtaacgtcttgcgtgg	52.01	50
10	HPV44	E7	168	186	ctgtggtacatgtagtcgg	ccgactacatgtaccacag	53.48	7
11	HPV44	E7	169	187	tgtggtacatgtagtcgga	tccgactacatgtaccaca	58.42	12
12	HPV44	E7	170	188	gtggtacatgtagtcggaa	ttccgactacatgtaccac	56.75	31
13	HPV44	E7	171	189	tggtacatgtagtcggaag	cttccgactacatgtacca	54.11	7
14	HPV44	E7	172	190	ggtacatgtagtcggaagg	ccttccgactacatgtacc	54.73	20
15	HPV44	E7	173	191	gtacatgtagtcggaaggt	accttccgactacatgtac	55.46	35
16	HPV44	E7	188	206	aggttcggctggttgtgca	tgcacaaccagccgaacct	53.27	44
17	HPV44	E7	195	213	gctggttgtgcagtgcaca	tgtgcactgcacaaccagc	51.45	45
18	HPV44	E7	209	227	gcacaggaacagacatcca	tggatgtctgttcctgtgc	52.84	44
19	HPV44	E7	224	242	tccatcacctacatacgct	agcgtatgtaggtgatgga	51.58	7
20	HPV44	E7	225	243	ccatcacctacatacgctt	aagcgtatgtaggtgatgg	50.9	12
21	HPV44	E7	226	244	catcacctacatacgcttc	gaagcgtatgtaggtgatg	50.13	18
22	HPV44	E7	228	246	tcacctacatacgcttctg	cagaagcgtatgtaggtga	51.59	21
23	HPV44	E7	239	257	cgcttctgctgggttcact	agtgaacccagcagaagcg	53.32	43
24	HPV70	E7	68	86	cggtcgaccttgtatgtca	tgacatacaaggtcgaccg	59.07	50
25	HPV70	E7	71	89	tcgaccttgtatgtcacga	tcgtgacatacaaggtcga	51.04	18
26	HPV70	E7	72	90	cgaccttgtatgtcacgag	ctcgtgacatacaaggtcg	54.23	8
27	HPV70	E7	73	91	gaccttgtatgtcacgagc	gctcgtgacatacaaggtc	59.85	43
28	HPV70	E7	74	92	accttgtatgtcacgagca	tgctcgtgacatacaaggt	57.17	23
29	HPV70	E7	75	93	ccttgtatgtcacgagcaa	ttgctcgtgacatacaagg	59.01	22
30	HPV70	E7	76	94	cttgtatgtcacgagcaat	attgctcgtgacatacaag	55.14	14
31	HPV70	E7	80	98	tatgtcacgagcaattaga	tctaattgctcgtgacata	53.62	50
32	HPV70	E7	113	131	aaacagatgaacccgacca	tggtcgggttcatctgttt	50.83	30
33	HPV70	E7	115	133	acagatgaacccgaccatg	catggtcgggttcatctgt	51.22	10
34	HPV70	E7	125	143	ccgaccatgtagttaatca	tgattaactacatggtcgg	53.03	46
35	HPV70	E7	150	168	acaactactagccagacgg	ccgtctggctagtagttgt	51.94	31
36	HPV70	E7	153	171	actactagccagacgggaa	ttcccgtctggctagtagt	50.54	30
37	HPV70	E7	170	188	aagaaccacagcgtcacaa	ttgtgacgctgtggttctt	51.66	17
38	HPV70	E7	171	189	agaaccacagcgtcacaaa	tttgtgacgctgtggttct	53.87	50
39	HPV70	E7	244	262	tcacaagagaacctgcgat	atcgcaggttctcttgtga	51.54	19
40	HPV70	E7	305	323	cctggtgtgcatcgggaac	gttcccgatgcacaccagg	50.77	39
41	HPV72	E7	46	64	cttcctgatgtggttgacc	ggtcaaccacatcaggaag	51.18	28
42	HPV72	E7	50	68	ctgatgtggttgacctaca	tgtaggtcaaccacatcag	52.25	45
43	HPV72	E7	110	128	aggatgagagggacggtgt	acaccgtccctctcatcct	51.52	21
44	HPV72	E7	111	129	ggatgagagggacggtgtt	aacaccgtccctctcatcc	55.13	27
45	HPV72	E7	112	130	gatgagagggacggtgttg	caacaccgtccctctcatc	50.75	10
46	HPV72	E7	186	204	ctgtggcaggtgctaccgt	acggtagcacctgccacag	52.59	9
47	HPV72	E7	187	205	tgtggcaggtgctaccgtc	gacggtagcacctgccaca	52.3	5
48	HPV72	E7	188	206	gtggcaggtgctaccgtcc	ggacggtagcacctgccac	50.16	4
49	HPV72	E7	197	215	gctaccgtccagttaggct	agcctaactggacggtagc	50.49	23
50	HPV72	E7	218	236	tggtggagtgcagagacgc	gcgtctctgcactccacca	55.93	47
51	HPV72	E7	219	237	ggtggagtgcagagacgca	tgcgtctctgcactccacc	57.6	42
52	HPV72	E7	220	238	gtggagtgcagagacgcag	ctgcgtctctgcactccac	52.32	30
53	HPV72	E7	221	239	tggagtgcagagacgcaga	tctgcgtctctgcactcca	53.18	36
54	HPV72	E7	265	283	ctggacaatttgtccatag	ctatggacaaattgtccag	50.9	43
55	HPV72	E7	267	285	ggacaatttgtccatagtg	cactatggacaaattgtcc	53.02	36
56	HPV72	E7	279	297	catagtgtgtcctcgctgc	gcagcgaggacacactatg	50.31	44
57	HPV72	E7	285	303	gtgtcctcgctgcgcataa	ttatgcgcagcgaggacac	51.26	2
58	HPV11	E7	5	23	atggaagacttgttaccct	agggtaacaagtcttccat	56.96	38
59	HPV11	E7	53	71	ctgaccctgtagggttaca	tgtaaccctacagggtcag	50.48	45
60	HPV11	E7	71	89	attgctatgagcaattaga	tctaattgctcatagcaat	50.2	50
61	HPV11	E7	176	194	gtggatgtgacagcaacgt	acgttgctgtcacatccac	55.16	33
62	HPV11	E7	178	196	ggatgtgacagcaacgtcc	ggacgttgctgtcacatcc	51.11	21
63	HPV11	E7	198	216	actggttgtggagtgcaca	tgtgcactccacaaccagt	55.98	45
64	HPV11	E7	203	221	ttgtggagtgcacagacgg	ccgtctgtgcactccacaa	52.78	43
65	HPV11	E7	204	222	tgtggagtgcacagacgga	tccgtctgtgcactccaca	56.72	21
66	HPV11	E7	206	224	tggagtgcacagacggaga	tctccgtctgtgcactcca	52.78	48
67	HPV42	E7	1	19	atgcgtggagagacgccta	taggcgtctctccacgcat	50.31	28
68	HPV42	E7	116	134	aagccaaacaggacataca	tgtatgtcctgtttggctt	52.75	49
69	HPV42	E7	183	201	actcgttgtgcagtgtaca	tgtacactgcacaacgagt	55.15	48
70	HPV42	E7	195	213	gtgtacagaggcggacata	tatgtccgcctctgtacac	53.39	17
71	HPV40	E7	25	43	ggagacattgtgttaaacc	ggtttaacacaatgtctcc	50.52	46
72	HPV40	E7	68	86	actgcaacgagcaattaga	tctaattgctcgttgcagt	55.84	50
73	HPV40	E7	107	125	accatgaacaggaccaact	agttggtcctgttcatggt	55.88	44
74	HPV40	E7	110	128	atgaacaggaccaactaga	tctagttggtcctgttcat	60.88	40
75	HPV40	E7	149	167	gtgagcaacccacgcaaca	tgttgcgtgggttgctcac	50.96	8
76	HPV40	E7	221	239	gtcagtgtttggtgcgctt	aagcgcaccaaacactgac	51.4	13
77	HPV40	E7	222	240	tcagtgtttggtgcgctta	taagcgcaccaaacactga	50.39	39
78	HPV40	E7	223	241	cagtgtttggtgcgcttag	ctaagcgcaccaaacactg	52.05	15
79	HPV43	E7	26	44	gagactatgtgctaactat	atagttagcacatagtctc	52.5	43
80	HPV43	E7	62	80	gcttaacctgtaacgagca	tgctcgttacaggttaagc	50.5	13
81	HPV43	E7	68	86	cctgtaacgagcaattaga	tctaattgctcgttacagg	56.11	50
82	HPV43	E7	110	128	gtgagcaacccacgcaaca	tgttgcgtgggttgctcac	50.96	8
83	HPV43	E7	159	177	agttgtaacagagtgcaca	tgtgcactctgttacaact	52.38	45
84	HPV81	E7	34	52	gtcctagatgagtatcctg	caggatactcatctaggac	50.31	50
85	HPV81	E7	59	77	ttgacctacattgccacga	tcgtggcaatgtaggtcaa	51.14	39
86	HPV81	E7	60	78	tgacctacattgccacgag	ctcgtggcaatgtaggtca	53.92	41
87	HPV81	E7	62	80	acctacattgccacgagca	tgctcgtggcaatgtaggt	51.69	23
88	HPV81	E7	63	81	cctacattgccacgagcaa	ttgctcgtggcaatgtagg	55.2	22
89	HPV81	E7	64	82	ctacattgccacgagcaat	attgctcgtggcaatgtag	57.01	14
90	HPV81	E7	73	91	cacgagcaattgctagaca	tgtctagcaattgctcgtg	51.31	31
91	HPV81	E7	107	125	tggatgtggatgataggga	tccctatcatccacatcca	52.22	38
92	HPV81	E7	109	127	gatgtggatgatagggaca	tgtccctatcatccacatc	50.63	33
93	HPV81	E7	124	142	gacagtggtgagcaactag	ctagttgctcaccactgtc	53.23	39
94	HPV81	E7	125	143	acagtggtgagcaactagt	actagttgctcaccactgt	53.91	40
95	HPV81	E7	128	146	gtggtgagcaactagtaga	tctactagttgctcaccac	57.63	36
96	HPV81	E7	148	166	caagcacagcaggcctata	tataggcctgctgtgcttg	51.28	31
97	HPV81	E7	213	231	ggtgttaagtggagacgca	tgcgtctccacttaacacc	59.12	42
98	HPV81	E7	214	232	gtgttaagtggagacgcag	ctgcgtctccacttaacac	52.94	30
99	HPV81	E7	215	233	tgttaagtggagacgcaga	tctgcgtctccacttaaca	57.44	36
100	HPV81	E7	245	263	tgcaacaactactgacgga	tccgtcagtagttgttgca	51.36	30
101	HPV81	E7	246	264	gcaacaactactgacggat	atccgtcagtagttgttgc	53.01	18
102	HPV81	E7	247	265	caacaactactgacggata	tatccgtcagtagttgttg	52.42	9
103	HPV81	E7	249	267	acaactactgacggataca	tgtatccgtcagtagttgt	52.74	7
104	HPV81	E7	261	279	ggatacactgtccatagtg	cactatggacagtgtatcc	52.75	36
105	HPV81	E7	279	297	gtgtcctggctgcgcataa	ttatgcgcagccaggacac	53.57	2
106	HPV6	E7	5	23	atggaagacatgttaccct	agggtaacatgtcttccat	57.25	38
107	HPV6	E7	53	71	cagaccctgtagggttaca	tgtaaccctacagggtctg	50.17	45
108	HPV6	E7	98	116	cagaagatgaggtggacga	tcgtccacctcatcttctg	55.95	26
109	HPV6	E7	99	117	agaagatgaggtggacgaa	ttcgtccacctcatcttct	53.19	41
110	HPV6	E7	100	118	gaagatgaggtggacgaag	cttcgtccacctcatcttc	52.01	23
111	HPV6	E7	101	119	aagatgaggtggacgaagt	acttcgtccacctcatctt	52.42	21
112	HPV6	E7	102	120	agatgaggtggacgaagtg	cacttcgtccacctcatct	57.98	30
113	HPV6	E7	103	121	gatgaggtggacgaagtgg	ccacttcgtccacctcatc	50.26	18
114	HPV6	E7	176	194	gtggatgtgacagcaacgt	acgttgctgtcacatccac	55.16	33
115	HPV6	E7	178	196	ggatgtgacagcaacgttc	gaacgttgctgtcacatcc	55.58	24
116	HPV6	E7	191	209	acgttcgactggttgtgca	tgcacaaccagtcgaacgt	50.2	44
117	HPV6	E7	198	216	actggttgtgcagtgtaca	tgtacactgcacaaccagt	55.06	48
118	HPV54	E7	68	86	actgcagggagcaattaga	tctaattgctccctgcagt	58	50
119	HPV54	E7	168	186	gtgttgtaagacagtacgg	ccgtactgtcttacaacac	50.03	12
120	HPV54	E7	184	202	cggctatgtgtgtatagca	tgctatacacacatagccg	51.03	48
121	HPV54	E7	187	205	ctatgtgtgtatagcacgc	gcgtgctatacacacatag	50.23	12
122	HPV54	E7	231	249	actgcttcatcaggacgca	tgcgtcctgatgaagcagt	54.09	15
123	HPV54	E7	232	250	ctgcttcatcaggacgcac	gtgcgtcctgatgaagcag	51.32	17
124	HPV54	E7	233	251	tgcttcatcaggacgcact	agtgcgtcctgatgaagca	54.29	7
125	HPV54	E7	234	252	gcttcatcaggacgcactg	cagtgcgtcctgatgaagc	53.77	34
126	HPV54	E7	235	253	cttcatcaggacgcactgc	gcagtgcgtcctgatgaag	50.38	40
127	HPV54	E7	267	285	cacctgtgcttcacgacta	tagtcgtgaagcacaggtg	52.53	33
128	HPV54	E7	268	286	acctgtgcttcacgactat	atagtcgtgaagcacaggt	54.48	13
129	HPV54	E7	269	287	cctgtgcttcacgactata	tatagtcgtgaagcacagg	55.68	11
130	HPV54	E7	270	288	ctgtgcttcacgactataa	ttatagtcgtgaagcacag	52.11	50
131	HPV61	E7	30	48	catagtccttgaagagcgt	acgctcttcaaggactatg	56.14	23
132	HPV61	E7	50	68	ctgaggtggttgacctaca	tgtaggtcaaccacctcag	51.65	45
133	HPV61	E7	107	125	aggaggatagtgtgcgtga	tcacgcacactatcctcct	52.66	27
134	HPV61	E7	109	127	gaggatagtgtgcgtgagc	gctcacgcacactatcctc	52.64	34
135	HPV61	E7	122	140	gtgagcaacttgttgaaca	tgttcaacaagttgctcac	55.61	49
136	HPV61	E7	182	200	gtaagtgtccagttaggct	agcctaactggacacttac	52.07	23
137	HPV61	E7	250	268	ctgggcgacttgtccatag	ctatggacaagtcgcccag	51.48	43
138	HPV61	E7	252	270	gggcgacttgtccatagtg	cactatggacaagtcgccc	54.97	36
139	HPV61	E7	270	288	gtgtcctggctgcgcataa	ttatgcgcagccaggacac	53.57	2