HPVomics

Predicted highly potential siRNAs (LR-HPVs)

S.No.	HPV type	HPV target region	Start position	End position	Sense	Antisense	Inhibition (%)	Off-target (seed)
1	HPV44	E2	602	620	gtactgtgcaagacgtatc	gatacgtcttgcacagtac	56.74	5
2	HPV44	E2	599	617	ctagtactgtgcaagacgt	acgtcttgcacagtactag	55.91	38
3	HPV44	E2	1040	1058	ttgatgaacagcaacgcca	tggcgttgctgttcatcaa	54.62	26
4	HPV44	E2	764	782	acaacgccagaaacaccgt	acggtgtttctggcgttgt	54.56	9
5	HPV44	E2	878	896	cagctacgcctgtagttca	tgaactacaggcgtagctg	54.48	48
6	HPV44	E2	170	188	aagtggtgccagcattagc	gctaatgctggcaccactt	54.33	48
7	HPV44	E2	601	619	agtactgtgcaagacgtat	atacgtcttgcacagtact	53.83	15
8	HPV44	E2	963	981	gtttgtagcagcatcgtcc	ggacgatgctgctacaaac	53.75	23
9	HPV44	E2	1039	1057	gttgatgaacagcaacgcc	ggcgttgctgttcatcaac	52.99	15
10	HPV44	E2	604	622	actgtgcaagacgtatcca	tggatacgtcttgcacagt	52.9	12
11	HPV44	E2	600	618	tagtactgtgcaagacgta	tacgtcttgcacagtacta	52.85	34
12	HPV44	E2	603	621	tactgtgcaagacgtatcc	ggatacgtcttgcacagta	52.66	11
13	HPV44	E2	964	982	tttgtagcagcatcgtcca	tggacgatgctgctacaaa	52.36	13
14	HPV44	E2	962	980	tgtttgtagcagcatcgtc	gacgatgctgctacaaaca	52.11	15
15	HPV44	E2	757	775	aacaccaacaacgccagaa	ttctggcgttgttggtgtt	52.08	32
16	HPV44	E2	1041	1059	tgatgaacagcaacgccag	ctggcgttgctgttcatca	51.84	26
17	HPV44	E2	881	899	ctacgcctgtagttcaatt	aattgaactacaggcgtag	51.75	47
18	HPV44	E2	549	567	atgggaggtatgtattggc	gccaatacatacctcccat	51.06	41
19	HPV44	E2	966	984	tgtagcagcatcgtccaca	tgtggacgatgctgctaca	50.93	19
20	HPV44	E2	965	983	ttgtagcagcatcgtccac	gtggacgatgctgctacaa	50.91	10
21	HPV44	E2	756	774	aaacaccaacaacgccaga	tctggcgttgttggtgttt	50.72	34
22	HPV44	E2	871	889	tattgtacagctacgcctg	caggcgtagctgtacaata	50.31	11
23	HPV44	E2	994	1012	acatgttcagatacatcca	tggatgtatctgaacatgt	50.11	47
24	HPV11	E2	410	428	tatacctgcaggacaacga	tcgttgtcctgcaggtata	54.71	13
25	HPV11	E2	621	639	cattgctgaacctactaca	tgtagtaggttcagcaatg	54.71	48
26	HPV11	E2	599	617	ctagcactgtacgagaagt	acttctcgtacagtgctag	54.5	43
27	HPV11	E2	620	638	ccattgctgaacctactac	gtagtaggttcagcaatgg	54.42	48
28	HPV11	E2	842	860	gtgcagctacgcctatagt	actataggcgtagctgcac	54.31	46
29	HPV11	E2	938	956	tagcatcttcaacgtggca	tgccacgttgaagatgcta	54.28	50
30	HPV11	E2	840	858	cagtgcagctacgcctata	tataggcgtagctgcactg	54.06	17
31	HPV11	E2	627	645	tgaacctactacatacacc	ggtgtatgtagtaggttca	53.6	46
32	HPV11	E2	586	604	cctgcatctgtatctagca	tgctagatacagatgcagg	52.96	20
33	HPV11	E2	371	389	gtgaagacaatgtaatgga	tccattacattgtcttcac	52.71	50
34	HPV11	E2	93	111	gcattggaaatgcatacga	tcgtatgcatttccaatgc	52.56	6
35	HPV11	E2	411	429	atacctgcaggacaacgac	gtcgttgtcctgcaggtat	52.31	12
36	HPV11	E2	4	22	gaagcaatagccaagcgtt	aacgcttggctattgcttc	52.05	10
37	HPV11	E2	755	773	tggccaacatcagatccgt	acggatctgatgttggcca	51.98	33
38	HPV11	E2	839	857	acagtgcagctacgcctat	ataggcgtagctgcactgt	51.95	19
39	HPV11	E2	841	859	agtgcagctacgcctatag	ctataggcgtagctgcact	51.82	38
40	HPV11	E2	1010	1028	gcagtgaggaacaacgtca	tgacgttgttcctcactgc	51.8	21
41	HPV11	E2	98	116	ggaaatgcatacgattgga	tccaatcgtatgcatttcc	51.55	19
42	HPV11	E2	1013	1031	gtgaggaacaacgtcagca	tgctgacgttgttcctcac	51.51	30
43	HPV11	E2	306	324	gctaacaccacccaaacgg	ccgtttgggtggtgttagc	51.47	22
44	HPV11	E2	628	646	gaacctactacatacaccc	gggtgtatgtagtaggttc	50.62	43
45	HPV11	E2	1054	1072	ccacccaccattaggcata	tatgcctaatggtgggtgg	50.62	36
46	HPV11	E2	307	325	ctaacaccacccaaacggt	accgtttgggtggtgttag	50.6	18
47	HPV11	E2	937	955	ttagcatcttcaacgtggc	gccacgttgaagatgctaa	50.46	46
48	HPV11	E2	550	568	tgggaagtatgttatggca	tgccataacatacttccca	50.25	47
49	HPV11	E2	604	622	actgtacgagaagtatcca	tggatacttctcgtacagt	50.18	47
50	HPV11	E2	596	614	tatctagcactgtacgaga	tctcgtacagtgctagata	50.08	9
51	HPV42	E2	112	130	atggaggcagtggtattgt	acaataccactgcctccat	56.75	38
52	HPV42	E2	730	748	ggaacagcatacaacgtgc	gcacgttgtatgctgttcc	56.03	25
53	HPV42	E2	684	702	gcacaccacaacgtccatt	aatggacgttgtggtgtgc	55.53	7
54	HPV42	E2	681	699	attgcacaccacaacgtcc	ggacgttgtggtgtgcaat	54.68	21
55	HPV42	E2	701	719	ttgacaaccaccacgcaga	tctgcgtggtggttgtcaa	54.21	26
56	HPV42	E2	679	697	ccattgcacaccacaacgt	acgttgtggtgtgcaatgg	53.91	12
57	HPV42	E2	725	743	cagacggaacagcatacaa	ttgtatgctgttccgtctg	53.35	42
58	HPV42	E2	733	751	acagcatacaacgtgccca	tgggcacgttgtatgctgt	53.1	41
59	HPV42	E2	589	607	cctgcacccatatctagca	tgctagatatgggtgcagg	52.64	20
60	HPV42	E2	680	698	cattgcacaccacaacgtc	gacgttgtggtgtgcaatg	52.52	15
61	HPV42	E2	682	700	ttgcacaccacaacgtcca	tggacgttgtggtgtgcaa	52.47	25
62	HPV42	E2	588	606	tcctgcacccatatctagc	gctagatatgggtgcagga	52.27	42
63	HPV42	E2	683	701	tgcacaccacaacgtccat	atggacgttgtggtgtgca	51.9	35
64	HPV42	E2	918	936	ctgtggaagtcaggctacg	cgtagcctgacttccacag	51.83	45
65	HPV42	E2	592	610	gcacccatatctagcacca	tggtgctagatatgggtgc	51.62	42
66	HPV42	E2	919	937	tgtggaagtcaggctacgc	gcgtagcctgacttccaca	51.57	21
67	HPV42	E2	583	601	gtttctcctgcacccatat	atatgggtgcaggagaaac	51.28	45
68	HPV42	E2	731	749	gaacagcatacaacgtgcc	ggcacgttgtatgctgttc	51.27	31
69	HPV42	E2	786	804	gtgtggacagtcgccatca	tgatggcgactgtccacac	51.17	28
70	HPV42	E2	610	628	acatccaccgacgcagaga	tctctgcgtcggtggatgt	50.99	40
71	HPV42	E2	221	239	aaatacacttggcattaga	tctaatgccaagtgtattt	50.94	48
72	HPV42	E2	920	938	gtggaagtcaggctacgcc	ggcgtagcctgacttccac	50.86	8
73	HPV42	E2	459	477	ttgccatgcaggactatat	atatagtcctgcatggcaa	50.77	50
74	HPV42	E2	724	742	acagacggaacagcataca	tgtatgctgttccgtctgt	50.75	40
75	HPV42	E2	750	768	catccaaacctcaccgcca	tggcggtgaggtttggatg	50.11	47
76	HPV42	E2	262	280	aatgtagagccatggacgc	gcgtccatggctctacatt	56.5	25
77	HPV42	E2	263	281	atgtagagccatggacgct	agcgtccatggctctacat	55.39	21
78	HPV42	E2	979	997	actgaatccagaaccgaga	tctcggttctggattcagt	52.38	30
79	HPV42	E2	1028	1046	gtgtacagcaacggtctga	tcagaccgttgctgtacac	51.97	26
80	HPV42	E2	885	903	agaaggtgaagccaattgc	gcaattggcttcaccttct	51.84	40
81	HPV42	E2	264	282	tgtagagccatggacgctg	cagcgtccatggctctaca	50.79	14
82	HPV42	E2	796	814	actgcagacagaacacgca	tgcgtgttctgtctgcagt	50.42	19
83	HPV42	E2	1081	1099	aaacatagcttgggtatgt	acatacccaagctatgttt	50.1	30
84	HPV42	E2	1082	1100	aacatagcttgggtatgtt	aacatacccaagctatgtt	50.1	41
85	HPV43	E2	857	875	gaagtcacactacgcctat	ataggcgtagtgtgacttc	56.13	19
86	HPV43	E2	387	405	gcattacaccctatggtca	tgaccatagggtgtaatgc	55.95	42
87	HPV43	E2	254	272	ctgaatatagcctagaacc	ggttctaggctatattcag	55.83	45
88	HPV43	E2	856	874	ggaagtcacactacgccta	taggcgtagtgtgacttcc	55.68	11
89	HPV43	E2	814	832	gtgcctaagcatacggacc	ggtccgtatgcttaggcac	55.32	7
90	HPV43	E2	256	274	gaatatagcctagaaccgt	acggttctaggctatattc	54.53	16
91	HPV43	E2	858	876	aagtcacactacgcctata	tataggcgtagtgtgactt	54.06	17
92	HPV43	E2	462	480	tgaaggcctatcatacaca	tgtgtatgataggccttca	53.16	46
93	HPV43	E2	816	834	gcctaagcatacggaccac	gtggtccgtatgcttaggc	52.34	25
94	HPV43	E2	815	833	tgcctaagcatacggacca	tggtccgtatgcttaggca	52.28	13
95	HPV43	E2	859	877	agtcacactacgcctataa	ttataggcgtagtgtgact	51.8	38
96	HPV43	E2	613	631	gaagtatcctctgttgcgt	acgcaacagaggatacttc	50.86	14
97	HPV43	E2	835	853	caccctagagggcacaacc	ggttgtgccctctagggtg	50.83	48
98	HPV43	E2	586	604	cctgcatctgtatctagta	tactagatacagatgcagg	50.65	49
99	HPV43	E2	854	872	gtggaagtcacactacgcc	ggcgtagtgtgacttccac	50.6	9
100	HPV43	E2	855	873	tggaagtcacactacgcct	aggcgtagtgtgacttcca	50.58	22
101	HPV43	E2	955	973	gtgtcatccacatggcgat	atcgccatgtggatgacac	50.58	22
102	HPV43	E2	382	400	gcaatgcattacaccctat	atagggtgtaatgcattgc	50.31	48
103	HPV43	E2	664	682	gtcccagattccacgtgca	tgcacgtggaatctgggac	50.31	34
104	HPV43	E2	810	828	actcgtgcctaagcatacg	cgtatgcttaggcacgagt	50.12	40
105	HPV43	E2	258	276	atatagcctagaaccgtgg	ccacggttctaggctatat	50.03	17
106	HPV6	E2	677	695	gcaccaaggaagacgcagt	actgcgtcttccttggtgc	55.63	36
107	HPV6	E2	843	861	cagttcagctacgcctata	tataggcgtagctgaactg	53.16	17
108	HPV6	E2	586	604	cctgcatctgtatctagca	tgctagatacagatgcagg	52.96	20
109	HPV6	E2	845	863	gttcagctacgcctatagt	actataggcgtagctgaac	52.96	46
110	HPV6	E2	306	324	gcaaacaccacctaaacgc	gcgtttaggtggtgtttgc	52.93	21
111	HPV6	E2	604	622	actacacaagaagtatcca	tggatacttcttgtgtagt	52.77	47
112	HPV6	E2	309	327	aacaccacctaaacgctgt	acagcgtttaggtggtgtt	52.64	35
113	HPV6	E2	449	467	gtatggtagatgctaaggg	cccttagcatctaccatac	52.46	42
114	HPV6	E2	4	22	gaagcaatagccaagcgtt	aacgcttggctattgcttc	52.05	10
115	HPV6	E2	161	179	taggaatgcaagtagtgcc	ggcactacttgcattccta	51.88	39
116	HPV6	E2	842	860	acagttcagctacgcctat	ataggcgtagctgaactgt	51.88	19
117	HPV6	E2	841	859	aacagttcagctacgccta	taggcgtagctgaactgtt	51.52	11
118	HPV6	E2	307	325	caaacaccacctaaacgct	agcgtttaggtggtgtttg	51.4	9
119	HPV6	E2	817	835	cagcaccaaagacggaaca	tgttccgtctttggtgctg	51.3	13
120	HPV6	E2	148	166	ggcctaagccacataggaa	ttcctatgtggcttaggcc	51.03	50
121	HPV6	E2	802	820	actaacaatcacgaccagc	gctggtcgtgattgttagt	50.87	11
122	HPV6	E2	451	469	atggtagatgctaagggta	tacccttagcatctaccat	50.85	37
123	HPV6	E2	844	862	agttcagctacgcctatag	ctataggcgtagctgaact	50.69	38
124	HPV6	E2	839	857	gtaacagttcagctacgcc	ggcgtagctgaactgttac	50.67	8
125	HPV6	E2	815	833	accagcaccaaagacggaa	ttccgtctttggtgctggt	50.62	47
126	HPV6	E2	840	858	taacagttcagctacgcct	aggcgtagctgaactgtta	50.5	22
127	HPV6	E2	450	468	tatggtagatgctaagggt	acccttagcatctaccata	50.3	49
128	HPV6	E2	550	568	tgggaagtatgttatggca	tgccataacatacttccca	50.25	47
129	HPV6	E2	816	834	ccagcaccaaagacggaac	gttccgtctttggtgctgg	50.17	17
130	HPV6	E2	310	328	acaccacctaaacgctgtt	aacagcgtttaggtggtgt	50.14	34
131	HPV6	E2	716	734	gagcacgaggagtccaaca	tgttggactcctcgtgctc	50.13	40
132	HPV54	E2	960	978	gcattgggcatgtgtacca	tggtacacatgcccaatgc	59.31	50
133	HPV54	E2	6	24	gaccctagcaacacgttta	taaacgtgttgctagggtc	58.52	27
134	HPV54	E2	5	23	agaccctagcaacacgttt	aaacgtgttgctagggtct	56.92	46
135	HPV54	E2	4	22	gagaccctagcaacacgtt	aacgtgttgctagggtctc	55.94	29
136	HPV54	E2	856	874	actacacctatagtgcact	agtgcactataggtgtagt	54.04	45
137	HPV54	E2	1054	1072	gttcgcattccacctagta	tactaggtggaatgcgaac	53.92	50
138	HPV54	E2	3	21	ggagaccctagcaacacgt	acgtgttgctagggtctcc	53.89	17
139	HPV54	E2	851	869	gtgacactacacctatagt	actataggtgtagtgtcac	53.42	46
140	HPV54	E2	551	569	gacagtgggaggtgcgtat	atacgcacctcccactgtc	52.39	8
141	HPV54	E2	967	985	gcatgtgtaccaggtacca	tggtacctggtacacatgc	52.24	35
142	HPV54	E2	253	271	acagtatacagcaccgaac	gttcggtgctgtatactgt	52.21	21
143	HPV54	E2	95	113	attggaaatgcatacgcct	aggcgtatgcatttccaat	51.85	8
144	HPV54	E2	221	239	aactgcaacttgcattaga	tctaatgcaagttgcagtt	51.69	48
145	HPV54	E2	433	451	gagggatggactaaggtgt	acaccttagtccatccctc	51.66	49
146	HPV54	E2	8	26	ccctagcaacacgtttaga	tctaaacgtgttgctaggg	51.63	15
147	HPV54	E2	94	112	cattggaaatgcatacgcc	ggcgtatgcatttccaatg	50.88	7
148	HPV54	E2	592	610	cctgcatctgtatctagta	tactagatacagatgcagg	50.65	49
149	HPV54	E2	799	817	aggcacatcagtgacgata	tatcgtcactgatgtgcct	50.5	14
150	HPV61	E2	99	117	gcattggcactatgtgcgt	acgcacatagtgccaatgc	56.38	10
151	HPV61	E2	304	322	gaaatgtggaatacgcagc	gctgcgtattccacatttc	55.93	10
152	HPV61	E2	104	122	ggcactatgtgcgtttgga	tccaaacgcacatagtgcc	54.34	13
153	HPV61	E2	302	320	tggaaatgtggaatacgca	tgcgtattccacatttcca	54.24	8
154	HPV61	E2	303	321	ggaaatgtggaatacgcag	ctgcgtattccacatttcc	54.23	16
155	HPV61	E2	5	23	ggatggagtcactagccga	tcggctagtgactccatcc	53.95	9
156	HPV61	E2	305	323	aaatgtggaatacgcagcc	ggctgcgtattccacattt	53.65	28
157	HPV61	E2	301	319	ttggaaatgtggaatacgc	gcgtattccacatttccaa	53.63	15
158	HPV61	E2	254	272	aaacaagtgcatatgcgca	tgcgcatatgcacttgttt	52.94	2
159	HPV61	E2	312	330	gaatacgcagccacaacga	tcgttgtggctgcgtattc	52.63	12
160	HPV61	E2	314	332	atacgcagccacaacgatg	catcgttgtggctgcgtat	52.51	14
161	HPV61	E2	3	21	gaggatggagtcactagcc	ggctagtgactccatcctc	52.29	36
162	HPV61	E2	100	118	cattggcactatgtgcgtt	aacgcacatagtgccaatg	52.25	24
163	HPV61	E2	253	271	caaacaagtgcatatgcgc	gcgcatatgcacttgtttg	50.46	5